FieldEffectCrc

DOI:10.18129 / B9.bioc.FieldEffectCrc

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见FieldEffectCrc．

肿瘤、肿瘤邻近正常和健康的结直肠转录组作为总结实验对象

Bioconductor版本:3.13

处理了1139个人类主要结直肠组织样本的RNA-seq数据，涉及三种表型，包括肿瘤、正常邻接肿瘤和健康，可在synapse.org上获得Synapse ID syn22237139。数据已被解析为通过ExperimentHub提供的summarizeexperiment对象，以促进Dampier等人(PMCID: PMC7386360, PMID: 32764205)的结果的可重复性和扩展。

作者:克里斯托弗·丹皮尔[aut, cre]， Bioconductor Package Maintainer [ctb]

维护者:Christopher Dampier

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FieldEffectCrc")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FieldEffectCrc”)

超文本标记语言	R脚本	结直肠转录组实验综述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ColonCancerData，ExperimentData，ExperimentHub，ExpressionData，Homo_sapiens_Data，RNASeqData，ReproducibleResearch，SequencingData，组织
版本	1.2.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	跑龙套
进口	BiocStyle，RUnit，SummarizedExperiment，ExperimentHub(> = 0.99.6),AnnotationHub，DESeq2
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocGenerics，股东价值分析，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/FieldEffectCrc.html
BugReports	https://github.com/Bioconductor/FieldEffectCrc/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FieldEffectCrc_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FieldEffectCrc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FieldEffectCrc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FieldEffectCrc/
软件包下载报告	下载数据