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生物导体实验数据包
Bioconductor版本:开发(3.13)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABAData | 施特菲·格罗特 | 人类大脑区域平均基因表达艾伦脑图谱 |
| adductData | 乔西海耶斯 | 血清白蛋白Cys34修饰的非靶向质谱数据 |
| affycompData | 哈里斯贾菲 | affycomp数据 |
| affydata | 哈里斯贾菲 | 演示用Affymetrix数据 |
| Affyhgu133A2Expr | 志诚记 | Affymetrix人类基因组U133A 2.0阵列(GPL571)表达数据包 |
| Affyhgu133aExpr | 志诚记 | Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96)表达数据包 |
| Affyhgu133Plus2Expr | 志诚记 | Affyhgu133Plus2Expr (GPL570)表达式数据包 |
| AffymetrixDataTestFiles | 亨利克·本特松 | 用于测试的Affymetrix数据文件(CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI) |
| Affymoe4302Expr | 志诚记 | Affymetrix小鼠基因组4302.0阵列(GPL1261)表达数据包 |
| 气道 | 迈克尔的爱 | 气道平滑肌细胞中RNA-Seq的范围总结实验，由Himes等人，PLoS One 2014 |
| 所有 | 罗伯特先生 | 一个数据包 |
| ALLMLL | B. M.博尔斯塔德 | 来自大型急性淋巴细胞白血病(ALL)研究的阵列子集 |
| alpineData | 迈克尔的爱 | 高山包小插图的数据 |
| AmpAffyExample | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 放大数据的例子 |
| AneuFinderData | 亚伦Taudt | 用于演示目的的WGSCS数据 |
| antiProfilesData | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 正常结肠癌和癌症的预处理affy数据用于构建antiProfile。 |
| aracne.networks | 费德里科·m·乔吉，马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | 来自TCGA肿瘤数据集的aracne推断基因网络 |
| ARRmData | 让-菲利普•福丁 | Illumina 450k甲基化数据规范化的示例数据集 |
| AshkenazimSonChr21 | 向谁投诉 | 21号染色体变异，19号人类基因组，德系三子样本 |
| ASICSdata | 流行Lefort | ASICS包的一维核磁共振谱数据示例 |
| AssessORFData | Deepank Korandla | 评估orf包的数据和文件 |
| bcellViper | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | 人b细胞转录相互作用组和正常人b细胞表达数据 |
| beadarrayExampleData | 马克·邓宁 | beadarray包的示例数据 |
| BeadArrayUseCases | 迈克•史密斯 | 利用Bioconductor分析Illumina BeadArray的表达数据 |
| BeadSorted.Saliva.EPIC | Jonah Fisher | Illumina EPIC数据吸附成人唾液细胞 |
| benchmarkfdrData2019 | 斯蒂芬妮·希克斯 | Korthauer和Kimes等人(2019)的数据和基准测试结果 |
| beta7 | 让杨 | 罗德里格斯等人(2004)记忆/效应T辅助细胞携带肠归巢受体整合素alpha4 beta7的差异基因表达。 |
| BioImageDbs | Satoshi Kume | 用于机器学习和深度学习的生物和生物医学成像数据集(用于ExperimentHub) |
| biotmleData | 尼玛赫亚兹 | “biotmle”R包的实验微阵列数据集示例 |
| biscuiteerData | “雅各莫里森” | 数据包饼干 |
| bladderbatch | Jeffrey T. Leek | 膀胱基因表达数据说明批量效应 |
| blimaTestingData | Vojtech Kulvait | 测试包bla的数据。 |
| BloodCancerMultiOmics2017 | 马格达雷娜ole | Dietrich S, Oles M, Lu J等“基于药物扰动的血癌分层”实验数据和完整分析 |
| bodymapRat | 斯蒂芬妮·希克斯 | 来自大鼠身体地图项目的实验数据集 |
| brainImageRdata | 莎拉链接器 | 用于BrainImageR的图像掩码和表情数据 |
| breakpointRdata | 大卫Porubsky | 用于演示目的的Strand-seq数据 |
| breastCancerMAINZ | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | Schmidt等人[2008]发表的基因表达数据集(MAINZ)。 |
| breastCancerNKI | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | van't Veer等人[2002]和van de Vijver等人[2002](NKI)发表的Genexpression数据集。 |
| breastCancerTRANSBIG | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | Desmedt等人[2007](TRANSBIG)发表的基因表达数据集。 |
| breastCancerUNT | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | Sotiriou等人[2007](UNT)发表的基因表达数据集。 |
| breastCancerUPP | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | Miller等[2005]发表的基因表达数据集(UPP)。 |
| breastCancerVDX | 马库斯·施罗德，本杰明·海贝-凯恩 | Wang等人[2005]和Minn等人[2007]发表的基因表达数据集(VDX)。 |
| brgedata | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 用于说明目的的暴露、基因表达和甲基化数据 |
| bronchialIL13 | 文斯凯里 | 时间过程实验涉及il13 |
| bsseqData | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | bsseq包的全基因组亚硫酸氢盐数据示例 |
| cancerdata | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子数据开发和验证诊断测试:数据集 |
| CardinalWorkflows | 凯莉·a·贝米斯 | 枢机质谱成像包的数据集和工作流程 |
| ccdata | 亚历克斯·皮克林 | 组合连接映射(ccmap)包数据 |
| 亚兰 | 奥黛丽考夫曼 | 四氯化碳(CCl4)处理肝细胞 |
| ccTutorial | Joern Toedling | ChIP-chip教程的数据包 |
| celarefData | 莎拉·威廉姆斯 | 处理scRNA数据用于celaref - Vignette -细胞标记 |
| celldex | 亚伦Lun | 单元格类型参考索引 |
| CellMapperData | 布拉德那里提取 | 与CellMapper包一起使用的预处理数据 |
| ceu1kg | VJ凯里 | CEU (N=60)基因型来自1000个基因组试点阶段I |
| ceu1kgv | VJ凯里 | 79例不相关CEU个体的表达+基因型 |
| ceuhm3 | VJ凯里 | ceuhm3: CEPH CEU队列的基因型(HapMap III期)和表达数据 |
| cgdv17 | VJ凯里 | 完整基因组多样性面板，chr17在46个人 |
| ChAMPdata | 元田 | 数据包ChAMP包 |
| ChIC.data | 卡门·玛丽亚·利维 | ChIC包数据 |
| ChimpHumanBrainData | 肖恩·戴维斯 | 黑猩猩和人类大脑的数据包 |
| chipenrich.data | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | 陪伴包到chipenrich |
| ChIPexoQualExample | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual包的示例数据，它实现了ChIP-exo数据的质量控制管道 |
| chipseqDBData | 亚伦Lun | chipseqDB工作流的数据 |
| ChIPXpressData | 乔治·吴 | ChIPXpress预建数据库 |
| chromstaRData | 亚伦Taudt | 用于演示目的的ChIP-seq数据 |
| 慢性淋巴细胞白血病 | 罗伯特先生 | CLL基因表达数据包 |
| CLLmethylation | Malgorzata Oles, Andreas Mock | PACE项目主要CLL样品甲基化数据 |
| CluMSIDdata | 托拜厄斯Depke | clclsid包的数据 |
| clustifyrdatahub | 瑞福 | ExperimentHub中clustifyr的外部数据集 |
| cMap2data | j . Saez-Rodriguez | 连通性地图(版本2)数据 |
| cnvGSAdata | 约瑟夫·卢戈 | cnvGSA包的小插图中使用的数据 |
| COHCAPanno | 查尔斯·沃登 | 希望之城CpG岛分析管道注释 |
| colonCA | 西尔维亚·默克 | Alon et al.(1999)结肠癌数据的expresset |
| CONFESSdata | 戴安娜低 | CONFESS包的示例数据集 |
| ConnectivityMap | 保罗·香农 | 通过常见基因表达变化揭示的药物、基因和疾病之间的功能联系 |
| COPDSexualDimorphism.data | J Fah Sathirapongsasuti | 支持基因表达和甲基化的性别二态和COPD差异分析的数据。 |
| CopyhelpeR | 奥斯卡Krijgsman | 帮助文件的文案 |
| CopyNeutralIMA | Xavier Pastor Hostench | 复制中性Illumina甲基化阵列 |
| COSMIC.67 | 朱利安格林 | COSMIC.67 |
| CRCL18 | 克劳迪奥·Isella | CRC单元数据集 |
| curatedAdipoArray | 马哈茂德•艾哈迈德 | 遗传和药理学扰动下mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的策划微阵列数据集 |
| curatedAdipoChIP | 马哈茂德•艾哈迈德 | mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的ChIP-Seq数据集 |
| curatedAdipoRNA | 马哈茂德•艾哈迈德 | mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的策展RNA-Seq数据集 |
| curatedBladderData | 马库斯·里斯特 | 膀胱癌基因表达分析 |
| curatedBreastData | 凯蒂Planey | 与生存和治疗信息一起策划乳腺癌基因表达数据 |
| curatedCRCData | Princy Parsana | 结直肠癌基因表达分析 |
| curatedMetagenomicData | 卢卡斯希弗 | 人类微生物组的宏基因组数据 |
| curatedOvarianData | 李维沃尔德伦 | 卵巢癌转录组的临床注释数据 |
| curatedTCGAData | 马塞尔·拉莫斯 | 来自癌症基因组图谱(TCGA)作为多分析实验对象的策展数据 |
| DAPARdata | 撒母耳Wieczorek | DAPAR和Prostar包附带的数据 |
| davidTiling | 沃尔夫冈•休伯 | David, Huber等人酵母平铺阵列论文的数据和分析脚本 |
| depmap | 劳伦特与 | 癌症依赖地图数据包 |
| derfinderData | 莱昂纳多Collado-Torres | 以BrainSpan处理BigWigs为例 |
| DeSousa2013 | 新王 | 预后差的结肠癌是由一个分子不同的亚型和前体病变定义的 |
| DExMAdata | 胡安·安东尼奥Villatoro-García | 数据包为DExMA包 |
| diffloopdata | 迦勒Lareau | 示例diffloop包的ChIA-PET数据集 |
| diggitdata | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | diggit包的示例数据 |
| DLBCL | 马库斯> | 弥漫性大b细胞淋巴瘤表达数据 |
| DmelSGI | 迈克•史密斯 | 论文“后生动物细胞定向遗传相互作用图”的实验数据和文档源代码 |
| DMRcatedata | Tim Peters | DMRcate的数据包 |
| DonaPLLP2013 | 约瑟夫·d·巴里 | Dona等人(2013)的补充数据包，包含示例图像和表格 |
| 多萝西娅 | 克里斯蒂安·h·霍兰德 | 人类和老鼠TF规则的集合 |
| DREAM4 | 保罗·香农 | 来自2009年DREAM4挑战的基因调控网络推理的合成表达数据 |
| dressCheck | 文森特·凯里 | 用于检查Dressman JCO 25(5) 2007的数据和软件 |
| DropletTestFiles | 亚伦Lun | 单细胞液滴实用程序测试文件 |
| DrugVsDiseasedata | j . Saez-Rodriguez | 药物与疾病数据 |
| dsQTL | VJ凯里 | dsQTL，数据节选自Degner et al. 2012 Nature letters |
| DuoClustering2018 | 安吉洛二人组 | 数据、聚类结果和可视化函数来自Duò等(2018) |
| DvDdata | j . Saez-Rodriguez | 药物与疾病数据 |
| dyebiasexamples | 菲利普Lijnzaad | 偏染包的示例数据，实现了GASSCO方法。 |
| EatonEtAlChIPseq | 帕特里克Aboyoun | 酵母中orc结合位点的ChIP-seq数据摘自Eaton et al. 2010 |
| ecoliLeucine | Laurent Gautier | Affymetrix大肠杆菌芯片的实验数据 |
| EGSEAdata | 妈Alhamdoosh | 基因集集合的EGSEA包 |
| ELMER.data | Tiago Chedraoui Silva | ELMER包的数据 |
| emtdata | Malvika D. Kharbanda | 一个关于上皮细胞向间充质细胞转变(EMT)数据集的实验包 |
| 雌激素 | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据集，可用于2x2阶乘设计的例子 |
| etec16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 人肠道菌群在与产肠毒素大肠杆菌挑战和随后环丙沙星治疗后的个体特异性变化 |
| ewceData | 艾伦•墨菲 | ewceData提供了ewce所需的参考数据 |
| faahKO | 史蒂芬诺依曼 | Saghatelian等(2004)FAAH敲除LC/MS数据 |
| fabiaData | 然而Hochreiter | FABIA(双簇采集因子分析)数据集 |
| facsDorit | Florian Hahne | DKFZ FACS实例数据 |
| FANTOM3and4CAGE | Vanja Haberle | CAGE数据来自FANTOM3和FANTOM4项目 |
| ffpeExampleData | 李维沃尔德伦 | Illumina DASL示例微阵列数据 |
| fibroEset | 西尔维娅默克 | Karaman et al.(2003)成纤维细胞数据 |
| FieldEffectCrc | 克里斯托弗·丹皮尔 | 肿瘤、肿瘤邻近正常和健康的结直肠转录组作为总结实验对象 |
| 金融中间人 | Herbert Braselmann, Martin Selmansberger | 人类功能交互(FIs)的splineTimeR包 |
| 裂变 | 迈克尔的爱 | 裂变酵母对应激反应的时间过程RNA-Seq实验，由Leong等人，Nat Commun 2014。 |
| Fletcher2013a | 毛罗·卡斯特罗 | FGFR2信号干扰下乳腺癌细胞的基因表达数据 |
| Fletcher2013b | 毛罗·卡斯特罗 | 掌握FGFR2信号转导和乳腺癌风险的调控因子 |
| flowPloidyData | 泰勒史密斯 | 流式细胞仪数据 |
| FlowSorted.Blood.450k | 安德鲁·E·杰夫 | Illumina人类甲基化数据的分类血细胞群 |
| FlowSorted.Blood.EPIC | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina EPIC免疫磁分选成人外周血细胞数据 |
| FlowSorted.CordBlood.450k | 珊·v·安德鲁斯 | Illumina 45万分选脐带血细胞数据 |
| FlowSorted.CordBloodCombined.450k | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina 450k/EPIC关于FACS和MACS脐血细胞的数据 |
| FlowSorted.CordBloodNorway.450k | 克里斯蒂娜gervin | Illumina人类甲基化数据的分类脐带血细胞群 |
| FlowSorted.DLPFC.450k | 安德鲁·E·杰夫 | 人类分类额叶皮层细胞群的甲基化数据 |
| flowWorkspaceData | 迈克江 | 一个数据包包含两个flowJo，一个diva xml工作空间和相关的fcs文件，以及三个gatingset用于测试flowWorkspace, openCyto和巨细胞包。 |
| frmaExampleData | 马修·n·麦高 | 示例数据 |
| furrowSeg | 约瑟夫·巴里 | 沟分割 |
| gageData | Weijun罗 | 测量包的辅助数据 |
| gaschYHS | 文斯凯里 | 表达酵母对热休克和其他环境压力的反应 |
| gatingMLData | j . Spidlen | gate - ml测试套件的数据和XML文件 |
| gcspikelite | 马克。罗宾逊 | 标记内GC/MS数据和方法的插入数据 |
| geneLenDataBase | 马修·杨，纳迪亚·戴维森 | 许多基因组的mRNA转录本的长度 |
| genomationData | Vedran因特网 | 显示基因组包功能的实验数据 |
| GenomicDistributionsData | Kristyna Kupkova | 参考数据的基因组分布包 |
| GeuvadisTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 来自GEUVADIS项目的包含转录本表达和双等位基因型的数据包 |
| GIGSEAdata | 家朱 | 基因集集合的GIGSEA包 |
| golubEsets | 文斯凯里 | golub白血病数据的exprSets |
| gpaExample | 东峻涌 | GPA包的示例数据(结合多效性和注释的遗传分析) |
| grndata | 加索尔Bellot | 基因调控网络推理的合成表达数据 |
| GSBenchMark | Bahman艾弗里 | 基因集基准 |
| GSE13015 | Darawan Rinchai | GEO加入数据GSE13015_GPL6106作为总结实验 |
| GSE62944 | 生物导体包维护者 | GEO加入数据GSE62944作为总结实验 |
| gskb | 瓦莱丽·阿伦 | 用于小鼠通路分析的基因集数据 |
| GSVAdata | 罗伯特Castelo | 在GSVA包的小插图中使用的数据 |
| GWASdata | 斯蒂芬妮·高加滕，埃德里安娜·斯蒂普 | GWASTools包的示例和小插图中使用的数据 |
| h5vcData | 保罗·西奥多·派尔 | h5vc包样例数据 |
| hapmap100khind | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 100K HIND Affymetrix |
| hapmap100kxba | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 100K XBA Affymetrix |
| hapmap500knsp | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 500K NSP Affymetrix |
| hapmap500ksty | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap 500K STY Affymetrix |
| hapmapsnp5 | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap SNP 5.0 Affymetrix |
| hapmapsnp6 | Benilton卡瓦略 | 样本数据- Hapmap SNP 6.0 Affymetrix |
| harbChIP | VJ凯里 | 实验数据包:harbChIP |
| HarmanData | 杰森·罗斯 | 哈曼包的数据 |
| HarmonizedTCGAData | 马天乐 | 对五种癌症类型的TCGA数据进行协调处理 |
| HCAData | 费德里科•马里尼 | 在R/Bioconductor中访问人类细胞图谱的数据集 |
| HD2013SGI | 迈克•史密斯 | 用RNAi和多参数表型绘制人类癌细胞的遗传相互作用 |
| HDCytoData | 卢卡斯·m·韦伯 | 以Bioconductor对象格式收集高维细胞仪基准数据集 |
| healthyFlowData | Ariful Azad | flowMatch包使用的健康数据集 |
| HEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | HEEBO设置和HEEBO控件。 |
| HelloRangesData | 迈克尔•劳伦斯 | HelloRanges教程小插图的数据 |
| hgu133abarcodevecs | 马修·n·麦高 | Hgu133a条码数据 |
| hgu133plus2barcodevecs | 马修·n·麦高 | Hgu133plus2条码数据 |
| hgu133plus2CellScore | 南希Mah | CellScore标准细胞类型表达数据集[hgu133plus2] |
| hgu2beta7 | 生物导体包维护者 | 包含hgu2beta7的注释数据的数据包 |
| HiCDataHumanIMR90 | 尼古拉斯的仆人 | 人IMR90成纤维细胞HiC数据来自Dixon等，2012 |
| HiCDataLymphoblast | Borbala Mifsud | 人类淋巴母细胞HiC数据来自Lieberman-Aiden et al. 2009 |
| HighlyReplicatedRNASeq | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 收集大量重复RNA-Seq实验 |
| Hiiragi2013 | Andrzej ole | 细胞与细胞之间的表达变异性伴随信号强化逐渐分离早期小鼠谱系 |
| HIVcDNAvantWout03 | 克里斯Fraley | T细胞系感染HIV-1 LAI (BRU) |
| HMP16SData | 卢卡斯希弗 | 来自人类微生物组计划的16S rRNA测序数据 |
| HMP2Data | 约翰·斯坦斯菲尔德，叶卡捷琳娜·斯米尔诺娃 | 16s rRNA测序数据来自人类微生物组项目2 |
| hmyriB36 | 文森特·凯里 | YRI单体图+表达(GENEVAR)， Build 36, r23a基因型 |
| HSMMSingleCell | 科尔杰尔 | 人骨骼肌成肌细胞(HSMM)的单细胞RNA-Seq鉴定 |
| HumanAffyData | 布拉德那里提取 | GEO接入GSE64985和ArrayExpress接入E-MTAB-62作为ExpressionSet对象 |
| humanStemCell | r .绅士 | 人类干细胞时间课程实验 |
| IHWpaper | Nikos Ignatiadis | 在IHW纸上复制数字 |
| Illumina450ProbeVariants.db | 蒂芙尼莫里斯 | 来自Illumina HumanMethylation450珠子芯片探针1000基因组计划的不同数据的注释包 |
| IlluminaDataTestFiles | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Illumina微阵列文件(IDAT)用于测试 |
| imcdatasets | 尼古拉斯Damond | 收集公开可用的成像大规模细胞术(IMC)数据集 |
| ITALICSData | Guillem Rigaill | ITALICSData |
| Iyer517 | 文斯凯里 | Iyer, Eisen等1999年科学论文的表达式集 |
| JASPAR2014 | 通用电气谭 | 用于JASPAR的数据包 |
| JASPAR2016 | 通用电气谭 | JASPAR 2016的数据包 |
| JctSeqData | 斯蒂芬·哈特利 | 用于JunctionSeq的Junction Count数据 |
| KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | 来自GEO的疾病数据集 |
| KEGGdzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | KEGG疾病数据集来自GEO |
| kidpack | 沃尔夫冈•休伯 | DKFZ肾包 |
| KOdata | Shana白 | LINCS剔除数据包 |
| leeBamViews | VJ凯里 | leeBamViews -多个酵母RNAseq样本摘自Lee 2009 |
| leukemiasEset | 莎拉Aibar | 白血病基因芯片表达数据(expressionSet)。 |
| LiebermanAidenHiC2009 | 菲利克斯•克莱因 | 数据选自E. Lieberman-Aiden et al. in Science(2009)的HiC论文 |
| ListerEtAlBSseq | 卡马尔•基 | H1和IMR90细胞系的BS-seq数据摘自Lister et al. 2009 |
| LRcellTypeMarkers | 文晶马 | LRcell R Bioconductor包标记基因信息 |
| lumiBarnes | 杜潘 | Barnes Benchmark Illumina组织滴定数据 |
| LungCancerACvsSCCGEO | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 肺癌数据集，可与maPredictDSC包一起使用，用于从Affymetrix CEL文件开发结果预测模型。 |
| LungCancerLines | 科里巴尔 | 从两个肺癌细胞系中读取 |
| lungExpression | 罗伯特Scharpf | Parmigiani等人，2004年临床癌症研究论文 |
| lydata | 亚历克斯·皮克林 | crossmeta Package的示例数据集 |
| M3DExampleData | 塔卢拉安德鲁斯 | M3Drop示例数据 |
| 巨噬细胞 | 迈克尔的爱 | 人巨噬细胞免疫反应 |
| MACSdata | 羌胡 | 测试MACSr包的数据集 |
| mammaPrintData | 路易吉马尔基奥尼 | 来自Glas和Buyse乳腺癌研究的rglist |
| mAPKLData | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的检测包mAPKL。 |
| maqcExpression4plex | Benilton卡瓦略 | 样品表达数据- MAQC / HG18 - NimbleGen |
| MAQCsubset | VJ凯里 | 实验数据包:maqc子集 |
| MAQCsubsetAFX | 劳伦特与 | MAQC数据子集的Affymetrix平台 |
| MAQCsubsetILM | 劳伦特与 | 用于Illumina平台的MAQC数据子集 |
| mCSEAdata | Jordi Martorell Marugán | 数据包为mCSEA包 |
| mcsurvdata | Adria Caballe Mestres | 元队列生存数据 |
| MEDIPSData | 卢卡斯查韦斯 | MEDIPS和QSEA包的示例数据 |
| MEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | MEEBO设置和MEEBO控件。 |
| MetaGxBreast | 本杰明Haibe-Kains | 乳腺癌转录组数据集 |
| MetaGxOvarian | 迈克尔·佐恩 | 卵巢癌转录组数据集 |
| MetaGxPancreas | 迈克尔·佐恩 | 胰腺癌转录组数据集 |
| metaMSdata | Yann Guitton | 使用实例metaMS包的CDF数据 |
| MethylAidData | M. van Iterson | methylaid总结了2800个Illumina 450k阵列样本和2620个EPIC阵列样本的数据 |
| methylclockData | 胡安·r·冈萨雷斯 | 甲基时钟包的数据 |
| MethylSeqData | 彼得希 | 收集公共DNA甲基化测序数据集 |
| microbiomeDataSets | 菲利克斯·恩斯特 | 基于微生物组数据集的实验中心 |
| microRNAome | 马修·n·麦高 | 摘要实验为microRNAome项目 |
| MIGSAdata | 胡安·c·罗德里格斯 | MIGSA小插图数据 |
| minfiData | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Illumina甲基化450k阵列的示例数据 |
| minfiDataEPIC | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Illumina甲基化EPIC阵列的示例数据 |
| minionSummaryData | 迈克•史密斯 | 总结了Ashton等人2015年发表的MinION测序数据 |
| miRcompData | 马修·n·麦高 | miRcomp包中使用的数据 |
| miRNATarget | Y-h。田口方法 | 用于MiRaGE包的人/小鼠miRNA基因靶表 |
| MMAPPR2data | 乔纳森山 | MMAPPR2的示例数据 |
| MMDiffBamSubset | Gabriele Schweikert | 使用实例MMDiff包的ChIP-Seq数据 |
| MOFAdata | 布丽塔一起创造Velten | 多组学因子分析(MOFA)数据包 |
| mosaicsExample | 东峻涌 | mosaics包的示例数据，实现了mosaics和mosaics - hmm，这是一个统计框架，用于分析单样本或双样本ChIP-seq数据，用于转录因子结合和组蛋白修饰 |
| mouse4302barcodevecs | 马修·n·麦高 | Mouse4302数据用于条形码 |
| MouseGastrulationData | 乔纳森·格里菲思 | 小鼠原肠形成和早期器官发生的单细胞组学数据 |
| MouseThymusAgeing | 迈克•摩根 | 衰老小鼠胸腺的单细胞转录组学数据 |
| msd16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 健康中重度腹泻16S表达数据 |
| msdata | Steffen Neumann, Laurent Gatto | 各种质谱原始数据示例文件 |
| msigdb | Dharmesh D. Bhuva | 分子特征数据库(MSigDB)的实验包 |
| MSMB | 沃尔夫冈•休伯 | 《生物学现代统计学》一书的数据集 |
| msPurityData | 托马斯·n·劳森 | 碎片谱库和数据测试mspsecurity包 |
| msqc1 | 基督教Panse | Sigma混合MSQC1数据 |
| MSstatsBioData | 之一Meena崔 | 已发表的DDA或SRM实验生物学研究数据集 |
| mtbls2 | 史蒂芬诺依曼 | 代谢产物MTBLS2:硝酸银处理拟南芥野生型和cyp79B2 cyp79B3双敲除植物叶片的LC/ ms比较分析Böttcher et al. (2004) |
| MUGAExampleData | 丹尼尔•加蒂 | 示例{M}使用{U}通用{G}分型{A}数组数据进行基因组重建和定量性状位点定位。 |
| muscData | 海伦娜·l·克罗威尔 | 多样本多组scRNA-seq数据 |
| mvoutData | VJ凯里 | Affy和illumina原始数据评估离群点探测器的性能 |
| NanoporeRNASeq | Ying Chen开发者 | nanoore RNA-Seq示例数据 |
| 纳米管 | 马尔特Thodberg | 小鼠纳米管CAGE数据 |
| NCIgraphData | 洛朗•雅各布 | NCIgraph软件包的数据 |
| NestLink | Lennart Opitz | NestLink是一个R数据包，用于指导深入分析结合蛋白集成的工程肽条形码 |
| Neve2006 | VJ凯里 | 乳腺癌细胞系的表达和CGH数据 |
| NGScopyData | 小贝赵 | 用于NGScopy包的人类肿瘤BAM文件子集和正常测序数据池(Zhao et al. 2014) |
| ObMiTi | 奥马尔Elashkar | 正常和高脂肪饮食的Ob/ Ob小鼠数据 |
| oct4 | 迈克尔的爱 | OCT4在小鼠ESCs中的条件敲除 |
| OMICsPCAdata | Subhadeep Das | OMICsPCA包支持数据 |
| OnassisJavaLibs | 尤金尼亚Galeota | OnassisJavaLibs, java库运行概念图和语义相似 |
| optimalFlowData | 斯托伊Inouzhe | optimalFlowData |
| parathyroidSE | 迈克尔的爱 | Haglund等人对甲状旁腺肿瘤原代培养RNA-Seq的研究，《临床内分泌杂志》2012。 |
| pasilla | 亚历杭德罗雷耶斯 | 数据包与每个外显子和每个基因的RNA-seq样本Pasilla敲除计数Brooks等，基因组研究2011。 |
| pasillaBamSubset | Herve页面 | 来自“Pasilla”实验的BAM文件子集 |
| PasillaTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 来自布鲁克斯等人的RNA-Seq数据敲除。 |
| PathNetData | 路德维希Geistlinger | PathNet包的实验数据 |
| PCHiCdata | Paula Freire-Pritchett | 获取Hi-C数据 |
| pcxnData | Sokratis Kariotis | 预先定义的通路/基因集之间的相关系数和p值 |
| pd.atdschip.tiling | Kristof De Beuf | 平台设计信息的Affymetrix Atdschip_tiling |
| pepDat | 升Sauteraud | 肽芯片数据包 |
| PepsNMRData | 侬·马丁 | PepsNMR包的数据集 |
| PhyloProfileData | Vinh Tran | 使用PhyloProfile工具进行系统发育剖面分析的数据包 |
| plasFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS等离子数据集 |
| ppiData | 生物导体包维护者 | 一个包含诱饵到猎物的蛋白质-蛋白质相互作用的定向图的包。 |
| prebsdata | Karolis Uziela | 'prebs'包的数据 |
| preciseTADhub | 斯皮罗Stilianoudakis | 使用preciseTAD获得的预训练随机森林模型 |
| PREDAsampledata | 弗朗西斯科·法拉利 | 透明细胞肾癌标本的表达和拷贝数数据 |
| ProData | 小春就李 | 乳腺癌样本SELDI-TOF数据 |
| pRolocdata | 劳伦特与 | pRoloc包附带的数据 |
| prostateCancerCamcap | 马克·邓宁 | 前列腺癌数据 |
| prostateCancerGrasso | 马克·邓宁 | 前列腺癌数据 |
| prostateCancerStockholm | 马克·邓宁 | 前列腺癌数据 |
| prostateCancerTaylor | 马克·邓宁 | 前列腺癌数据 |
| prostateCancerVarambally | 马克·邓宁 | 前列腺癌数据 |
| ptairData | 卡米尔Roquencourt | PTR-TOF-MS挥发组学原始数据集，来自呼出的空气和细胞培养顶空 |
| PtH2O2lipids | 詹姆斯•柯林斯 | van Creveld et al.(2015)的HPLC-ESI-MS脂质数据 |
| pumadata | Xuejun刘 | 与puma包一起使用的各种数据集 |
| PWMEnrich.Dmelanogaster.background | 迭戈Diez | D. melanogaster背景的PWMEnrich |
| PWMEnrich.Hsapiens.background | 迭戈Diez | 智人的PWMEnrich背景 |
| PWMEnrich.Mmusculus.background | 迭戈Diez | M. musculus背景为PWMEnrich |
| pwrEWAS.data | Stefan Graw | pwrEWAS.data：Reference data accompanying pwrEWAS |
| QDNAseq.hg19 | 达乌德您 | QDNAseq bin注释hg19 |
| QDNAseq.mm10 | 达乌德您 | Bin标注mm10 |
| qPLEXdata | Kamal Kishore开发者 | 数据随qPLEXanalyzer包 |
| QUBICdata | 余张 | 在QUBIC包的小插图中使用的数据 |
| rcellminerData | Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fathi Elloumi | rcellminerData: NCI-60细胞系的分子特征和药物反应 |
| RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp | 莎拉Aibar | RcisTarget motif数据库用于人类(hg19) - 4.6k motif的子集 |
| ReactomeGSA.data | 约翰内斯偶联 | ReactomeGSA包的配套数据包 |
| RegParallel | 凯文Blighe | R中的标准回归函数支持对大型数据帧进行并行处理 |
| restfulSEData | 生物导体包维护者 | “restfulSE”R包的元数据示例 |
| RforProteomics | 劳伦特与 | “使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”出版物的配套包 |
| RGMQLlib | 西蒙·帕洛 | RGMQLlib，运行GMQL scala API的java库 |
| rheumaticConditionWOLLBOLD | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 由Wollbold等人发表的归一化基因表达数据集[2009](Wollbold)。 |
| RITANdata | 迈克尔·齐默尔曼 | 这个包包含注释和网络数据集 |
| RMassBankData | 迈克尔·斯特拉夫斯，艾玛·施曼斯基 | RMassBank的测试数据集 |
| RNAinteractMAPK | 迈克•史密斯 | 通过RNAi合成遗传相互作用分析的信号网络映射 |
| RNAmodR。数据 | 菲利克斯·恩斯特 | RNAmodR包的示例数据 |
| RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 | Herve页面 | RNAseq实验:通过高通量测序HNRNPC敲低和对照HeLa细胞的转录分析 |
| RNASeqRData | Kuan-Hao曹国伟 | RNASeqRData: RNASeqR软件包演示样例数据 |
| RnaSeqSampleSizeData | 石林赵 | RnaSeqSampleSizeData |
| RnBeads.hg19 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg19 |
| RnBeads.hg38 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg38 |
| RnBeads.mm10 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.mm10 |
| RnBeads.mm9 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.mm9 |
| RnBeads.rn5 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.rn5 |
| RRBSdata | 卡佳Hebestreit | 一个包含12个样本和10,000个模拟DMRs的RRBS数据集 |
| rRDPData | 迈克尔Hahsler | 默认RDP分类器的数据库 |
| RTCGA.clinical | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的临床数据集 |
| RTCGA。CNV | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的拷贝数变异(CNV)数据集 |
| RTCGA.methylation | Marcin辛斯 | 甲基化数据集来自癌症基因组图谱项目 |
| RTCGA.miRNASeq | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱项目的miRNASeq数据集 |
| RTCGA.mRNA | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱项目的mRNA数据集 |
| RTCGA.mutations | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的突变数据集 |
| RTCGA。PANCAN12 | Marcin辛斯 | 来自基因组癌症浏览器的PanCan 12 |
| RTCGA.rnaseq | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的rna序列数据集 |
| RTCGA。RPPA | Marcin辛斯 | 来自癌症基因组图谱计划的RPPA数据集 |
| RUVnormalizeData | 洛朗•雅各布 | RUVnormalize包的性别数据 |
| sampleClassifierData | Khadija El Amrani | 与sampleClassifier包一起使用的预处理数据 |
| SBGNview.data | Weijun罗 | 支持SBGNview包的数据集 |
| SCATEData | Wenpin侯 | SCATE数据(单细胞ATAC-seq信号提取和增强) |
| SCLCBam | 奥斯卡Krijgsman | 小细胞肺肿瘤4号染色体序列数据 |
| scpdata | 克利斯朵夫Vanderaa | 单细胞蛋白质组学数据包 |
| scRNAseq | 亚伦Lun | 公共单细胞RNA-Seq数据集的收集 |
| scTHI.data | 米歇尔·切 | 该软件包包含小插图中使用的单细胞数据的示例和scTHI包的示例;数据包含胶质瘤公共数据集的肿瘤细胞和免疫细胞 |
| seq2pathway.data | Arjun Kinstlick | 数据集为R包seq2路径 |
| seqc | 杨辽，魏氏 | 来自SEQC (MAQC-III)研究的RNA-seq数据 |
| seqCNA.annot | 大卫Mosen-Ansorena | 用seqCNA深度测序癌症数据拷贝数分析的注释 |
| serumStimulation | Morten汉森 | serumStimulation是一个数据包，在包pcaGoPromoter中有实例使用 |
| sesameData | 扫读周 | SeSAMe包的支持数据 |
| seventyGeneData | 路易吉马尔基奥尼 | 来自van't Veer和van de Vijver乳腺癌研究的表达集 |
| shinyMethylData | 让-菲利普•福丁 | shinyMethyl输入数据的示例数据集 |
| signatureSearchData | 玉柱段 | signatureSearch包的数据集 |
| SimBenchData | 曹曰 | SimBenchData:收集了35个单细胞RNA-seq数据，涵盖了广泛的数据特征 |
| simpIntLists | Kircicegi Korkmaz | 该软件包以简单的格式包含各种生物的生物网格交互作用 |
| Single.mTEC.Transcriptomes | 亚历杭德罗雷耶斯 | 小鼠mTEC细胞的单细胞转录组数据及分析 |
| SingleCellMultiModal | 马塞尔·拉莫斯 | 集成多模态单细胞实验数据集 |
| SingleMoleculeFootprintingData | 圭多Barzaghi | 支持单分子足迹pkg的数据 |
| SNAData | 丹尼斯Scholtens | 社交网络分析数据示例 |
| SNAGEEdata | 大卫Venet | SNAGEE数据 |
| SNPhoodData | 基督教阿诺德 | SNPhood包的附加和更复杂的示例数据 |
| SomatiCAData | Mengjie陈 | 一个用于SomatiCA包的癌症全基因组测序数据示例 |
| SomaticCancerAlterations | 朱利安格林 | 体细胞癌改变 |
| spatialLIBD | 莱昂纳多Collado-Torres | spatialLIBD:一个R/Bioconductor包，用于可视化空间分辨率的转录组数据 |
| SpikeIn | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix插入实验数据 |
| SpikeInSubset | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix的钉入实验数据的一部分 |
| spqnData | 易王 | spqn包的数据 |
| stemHypoxia | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 普拉多-洛佩兹等人在缺氧基因表达数据集下的人胚胎干细胞分化(2010) |
| STexampleData | 卢卡斯·m·韦伯 | 以SpatialExperiment Bioconductor格式收集空间解析转录组学数据集 |
| stjudem | Joern Toedling | 来自Yeoh等人的MACAT格式的微阵列数据 |
| SVM2CRMdata | Guidantonio Malagoli Tagliazucchi | 与SVM2CRM包一起使用的示例数据集 |
| synapterdata | 劳伦特与 | 突触包附带的数据 |
| systemPipeRdata | 托马斯Girke | systemPipeRdata:工作流模板和示例数据 |
| TabulaMurisData | 夏洛特Soneson | Tabula Muris Consortium的10x和SmartSeq2数据 |
| TargetScoreData | 李越 | TargetScoreData |
| TargetSearchData | Alvaro Cuadros-Inostroza | TargetSearch Package的GC-MS数据示例 |
| 鞑靼 | 基督教Panse | 在赛默飞世尔科学质谱仪上记录的原始地面光谱 |
| TBX20BamSubset | d . Bindreither | 来自“TBX20”实验的BAM文件子集 |
| TCGAbiolinksGUI.data | Tiago Chedraoui Silva | TCGAbiolinksGUI包的数据 |
| TCGAcrcmiRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 miRNA数据集 |
| TCGAcrcmRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 mRNA数据集 |
| TCGAMethylation450k | 肖恩·戴维斯 | 癌症基因组图谱Illumina 45万甲基化实例数据 |
| tcgaWGBSData.hg19 | Divy Kangeyan | 数据 |
| TCGAWorkflowData | Tiago Chedraoui Silva | TCGA工作流数据 |
| TENxBrainData | 生物导体包维护者 | 来自10X 130万个脑细胞研究的数据 |
| TENxBUSData | λ摩西 | 来自10x总线格式的单单元数据集 |
| TENxPBMCData | 斯蒂芬妮·希克斯 | PBMC数据来自10X Genomics |
| TENxVisiumData | 海伦娜·l·克罗威尔 | 由10X Genomics提供的Visium空间基因表达数据 |
| timecoursedata | 内尔Varoquaux | 时间过程RNA-seq和微阵列基因表达数据集的数据包 |
| TimerQuant | 约瑟夫·巴里 | 定时定量 |
| tinesath1cdf | 齿Casneuf | tinesath1cdf |
| tinesath1probe | 齿Casneuf | tinesath1型微阵列探针序列数据 |
| tissueTreg | 查尔斯Imbusch | 来自小鼠组织T调节细胞的TWGBS和RNA-seq数据 |
| TMExplorer | 埃里克·克里斯坦森 | 肿瘤微环境单细胞RNA测序数据集及相应元数据的收集 |
| tofsimsData | 洛伦兹格柏 | ToF-SIMS成像数据的导入、处理和分析 |
| topdownrdata | 塞巴斯蒂安·吉布 | 使用实例topdownr R包的文件 |
| tweeDEseqCountData | 胡安·R·冈萨雷斯 | RNA-seq计数数据在tweeDEseq包的小插图中使用 |
| tximportData | 迈克尔的爱 | tximportData |
| VariantToolsData | 迈克尔•劳伦斯 | VariantTools教程的数据 |
| vulcandata | 费德里科·m·乔吉 | 虚拟ChIP-Seq数据分析使用网络，虚拟数据集 |
| WES.1KG.WUGSC | 江刘宇超(音) | 华盛顿大学基因组测序中心(WUGSC) 1000基因组(1KG)项目中22号染色体第401 - 500外显子的全外显子组测序(WES)。 |
| WGSmapp | 如金王 | ENCODE项目全基因组测序的可映射性轨迹 |
| XhybCasneuf | Tineke Casneuf | EBI/PSB交叉杂交研究包 |
| yeastCC | Sandrine Dudoit | Spellman等人(1998)和Pramila/Breeden(2006)酵母细胞周期微阵列数据 |
| yeastExpData | r .绅士 | 酵母实验数据 |
| yeastGSData | r .绅士 | 酵母金标准数据 |
| yeastNagalakshmi | 生物导体包维护者 | 酵母基因组RNA测序数据基于Nagalakshmi等。 |
| yeastRNASeq | j·布拉德 | 酵母RNA-Seq实验数据来自Lee等人，2008 |
| yri1kgv | VJ凯里 | 79个不相关YRI个体的表达+基因型 |
| zebrafishRNASeq | 大卫。Risso | 斑马鱼RNA-Seq实验数据来自Ferreira et al. (2014) |
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