此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37.
Bioconductor版本:3.13
NCBI dbSNP Build 142提取的智人SNP位点及等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2014年10月14日创建,包含映射到参考基因组GRCh37.p13的snp。警告:请注意,GRCh37。p13基因组是GRCh37的补丁版本,但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组*相同*除了线粒体染色体。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19,它们将降落在正确的位置,但这种注入将排除chrM(即没有任何东西将以该顺序注入)。
作者:Herv\'e Pag\ ' es
维护者:Simon Coetzee < Simon。Coetzee在cshs.org>
引文(从R内,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens |
版本 | 0.99.5 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.25.6) |
进口 | 方法,跑龙套,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked(> = 1.3.19) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | motifbreakR |
链接到我 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37_0.99.5.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37/ |
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