# #——风格,回声= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(希尔达)库(tidyr)图书馆(ggplot2)图书馆(dplyr) inputFile < -执行(“extdata / esophageal.mp.txt。广州”,包= "希尔达”)G < - hildaReadMPFile (inputFile numBases = 5, trDir = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(selectKSigs)加载(执行(“extdata /样品。rdata”,包= " selectKSigs ")) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed(5)结果< - cv_PMSignature (G, Kfold = 3, nRep = 3, Klimit = 7)打印(结果)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -结果美元Kvalue < - seq_len (nrow(结果))+ 1 results_df < -收集(结果、方法、价值,-Kvalue) % > % group_by(方法)% > %变异(xmin = which.min(值)+ 1 - 0.1,xmax = which.min(值)+ 1 + 0.1)ggplot (results_df) + geom_point (aes (x = Kvalue, y =值,颜色=方法),大小= 2)+ facet_wrap(~方法,尺度=“免费”)+ geom_rect(映射= aes (xmin = xmin xmax = xmax ymin =无穷,ymax =正),填补=“灰色”,α= 0.05)+ theme_bw () + xlab(“数字签名”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()