# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)# # - - - - -设置,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(igraph) #库(schex) #库(TENxPBMCData) #库(嘘)#库(残渣)#库(ggrepel) # #——负载,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # tenx_pbmc3k < - TENxPBMCData(数据集=“pbmc3k”) # # rownames (tenx_pbmc3k) <——uniquifyFeatureNames (rowData ENSEMBL_ID美元(tenx_pbmc3k),构成了rowData (tenx_pbmc3k) Symbol_TENx美元)# # #——filter-cells, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -构成了rowData (tenx_pbmc3k) $ #水户< - grepl (“^ MT - rownames (tenx_pbmc3k)) # colData (tenx_pbmc3k) < - cbind (colData (tenx_pbmc3k), # perCellQCMetrics (tenx_pbmc3k #子集=列表(太构成了rowData (tenx_pbmc3k) =水户美元)))构成了rowData (tenx_pbmc3k) < - # cbind (rowData (tenx_pbmc3k), # perFeatureQCMetrics (tenx_pbmc3k)) # # tenx_pbmc3k < - tenx_pbmc3k [, ! colData (tenx_pbmc3k) subsets_Mt_percent > 50美元]# # libsize_drop < - isOutlier (tenx_pbmc3k总美元,# nmads = 3,类型=“低”,日志= TRUE) # feature_drop < - isOutlier (tenx_pbmc3k发现美元,# nmads = 3,类型=“低”,日志= TRUE) # # tenx_pbmc3k <——tenx_pbmc3k [, ! (libsize_drop | feature_drop)] # #——filter-genes, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # rm_ind < - calculateAverage (tenx_pbmc3k) < 0 # tenx_pbmc3k < - tenx_pbmc3k [!rm_ind] # #——规范,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # tenx_pbmc3k < -嘘::logNormCounts (tenx_pbmc3k) # #——暗淡的红,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # tenx_pbmc3k < - runPCA (tenx_pbmc3k) # set.seed (10) # tenx_pbmc3k <——runUMAP (tenx_pbmc3k dimred =“主成分分析”,传播= 1,# min_dist = 0.4) # #——集群,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # snn_gr < - buildSNNGraph (tenx_pbmc3k,使用。dimred = " PCA ", k = 50) #集群< - cluster_louvain (snn_gr) # tenx_pbmc3k集群< -美元因素(集群成员美元)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plot_hexbin_density_shiny (tenx_pbmc3k 10 50, dimension_reduction =“UMAP”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plot_hexbin_feature_shiny (tenx_pbmc3k类型=“计数”,功能=“POMGNT1”, # action =“prop_0 min_nbins = 10, max_nbins = 50, dimension_reduction =“UMAP”, # mod = RNA) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plot_hexbin_meta_shiny (tenx_pbmc3k坳=“集群”,# action =“多数”,min_nbins = 10, max_nbins = 50, dimension_reduction =“UMAP”)