# #——回声= TRUE, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # devtools:: install_github (“izhbannikov / rqt”buildVignette = TRUE) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)obj < - rqt(表型=把基因型= geno.obj) res <麝猫(obj, =“主成分分析”方法,。类型=“D”)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)obj < - rqt(表型=把基因型= geno.obj) res <麝猫(obj, =“主成分分析”方法,。类型=“C”)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)obj < - rqt(表型=把基因型= geno.obj) res <麝猫(obj,方法=“请”出去。类型=“C”)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)obj < - rqt(表型=把基因型= geno.obj) #不支持,对不起!# res < -麝猫(obj,方法=“请”出去。类型=“D”,规模= TRUE)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)柯伐合金< - read.table(执行(“extdata / test.cova1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE) obj < - rqt(表型=把基因型=基因族群。obj,反是=柯伐合金)res <麝猫(obj, =“主成分分析”方法,。类型=“D”)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1。dat”,包= " rqt "),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)柯伐合金< - read.table(执行(“extdata / test.cova1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE) obj < - rqt(表型=把基因型=基因族群。obj,反是=柯伐合金)res <麝猫(obj, =“主成分分析”方法,。类型=“C”)打印(res) # #——回声= TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(rqt) data1 < data.matrix (read.table(执行(“extdata / phengen2。dat”,包= " rqt "),跳过= 1))把< - data1[1]基因族群< - data1(, 2:暗(data1) [2]] colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- SummarizedExperiment(geno) obj1 <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) data2 <- data.matrix(read.table(system.file("extdata/phengen3.dat", package="rqt"), skip=1)) pheno <- data2[,1] geno <- data2[, 2:dim(data2)[2]] colnames(geno) <- paste(seq(1, dim(geno)[2])) geno.obj <- SummarizedExperiment(geno) obj2 <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) data3 <- data.matrix(read.table(system.file("extdata/phengen.dat", package="rqt"), skip=1)) pheno <- data3[,1] geno <- data3[, 2:dim(data3)[2]] colnames(geno) <- paste(seq(1, dim(geno)[2])) geno.obj <- SummarizedExperiment(geno) obj3 <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) res.meta <- geneTestMeta(list(obj1, obj2, obj3)) print(res.meta) ## ---- echo=TRUE--------------------------------------------------------------- sessionInfo()