# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # BiocManager::安装(“身为/ pipeComp”) # #——回声= FALSE, fig.cap =“pipeComp和PipelineDefinition概述”——knitr:: include_graphics(系统。文件(“文档”、“pipeComp_scheme。png”,包= ' pipeComp '), # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(pipeComp)替代< -列表(par1 = c (“function_A”、“function_B”), par2 = 1:3, par3 = TRUE, #……parN = c (10、25、50)) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # res < - runPipeline(数据集,选择,pipelineDef = PipelineDefinition) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < - buildCombMatrix梳(替代品)头(梳理)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # < -梳梳[(梳$ par1 ! =“function_A”|梳子par2美元= = 2),]# res < - runPipeline(数据集,选择,pipelineDef = PipelineDefinition # nthreads = 3,梳梳)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - my_pip < - PipelineDefinition(列表(step1 = function (x, param1){#做x和param1 x},步骤2 = function (x, method1 param2){得到(method1) (x, param2) # method1适用于x,与param2},将发髻= function (x, param3) {x <——some_fancy_function (x, param3) #函数也可以输出评估通过的intermediate_return槽:e < - my_evaluation_function (x)列表(x = x, intermediate_return = e)})) my_pip # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - my_pip < PipelineDefinition(列表(step1 = function (x, meth1) {(meth1) (x)},步骤2 = function (x, meth2){得到(meth2) (x)}),评价=列表(步骤2 =函数c (x)(平均=平均(x) max = max (x))),描述=列表(步骤1 =“这个步骤meth1适用于x”。步骤2 =“这步骤meth2适用于x。”) my_pip # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据集< -列表(ds1 = 1:3, ds2 = c(5、10、15))替代< -列表(meth1 = c(“日志”、“√”),meth2 =“cumsum”) tmpdir1 < - paste0 (tempdir (),“/”) res < - runPipeline(数据集,选择、my_pip output.prefix = tmpdir1) res评价步骤2 # #美元- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - my_pip [1] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pip2 < - addPipelineStep (my_pip, name =“newstep”=“步骤1”)pip2 # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - stepFn (pip2、“newstep”、类型=“函数”)< -函数(x, newparam) {do_something (x, newparam)} pip2 # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -列表。文件(tmpdir1模式=“评价\ \ .rds”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ds < -列表。文件(tmpdir1模式= \ \”评价。rds”, full.names = TRUE)名称(ds) < - basename (ds) res1 < readPipelineResults (resfiles = ds) res < - aggregatePipelineResults (res1) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -选择< -列表(meth1 = c (“log2”、“√”), meth2 =“cumsum”) tmpdir2 < - paste0 (tempdir (),“/”) res < - runPipeline(数据集,选择、my_pip output.prefix = tmpdir2) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - res1 < - readPipelineResults (tmpdir1)它< - readPipelineResults (tmpdir2) res < - mergePipelineResults (res1它)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - res < - aggregatePipelineResults (res) res评价步骤2 # #美元- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -脆弱。有趣的< -函数(x){如果(任何(x > 10))停止(“太大了!”)2 x ^}替代美元meth1 < - c(替代meth1美元,“fragile.fun”) res < - runPipeline(数据集,选择、my_pip、输出。前缀= tmpdir1 skipErrors = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - res评价步骤2 # #美元——fig.width = 5, fig.height = 2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotElapsed (res agg.by = FALSE) # #——fig.width = 3.5, fig.height = 2.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - evalHeatmap (res, = c(“的意思是”,“马克斯”))