# #——包括= TRUE,呼应= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(呼应= TRUE,崩溃= TRUE,缓存= TRUE) # str (knitr:: opts_chunk得到()美元)# #——fig.normal = TRUE,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: include_graphics(“. . /本月/ extdata / crispr.png”) # #——概述,fig.wide = TRUE,。宽度=“100%”,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: include_graphics(“. . /本月/ extdata / overview.png”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -从BioC # # # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(version =“重击”)# BiocManager::安装(“multicrispr”)从gitlab: # # # # # < url -“https://gitlab.gwdg.de/loosolab/software/multicrispr.git”# #遥控器::install_git (url,回购= BiocManager::存储库())# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #安装一次# #网状::conda_create (azienv, python = 2.7) # #网状::conda_install (“azienv”、“方位”,pip = TRUE) # #网状::conda_install (‘azienv’,‘scikit-learn = = 0.17.1’, pip = TRUE) # # #网状激活::use_condaenv (azienv) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # index_genome (BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10:: BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10) # index_genome (BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38:: BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg38) # #——回声= FALSE,结果= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #不需要#完成加载依赖默默地——保持关注#需要(GenomicRanges) #需要(Biostrings) #需要(dplyr) #需要(dbplyr) #需要(htmltools) #需要(htmlwidgets) # #——消息= FALSE。宽度=“60%”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -需要(magrittr)需要(multicrispr) bedfile < -执行(“extdata / SRF。床”,包= ' multicrispr”) targets0 <——bed_to_granges (bedfile基因组= mm10) # #——消息= FALSE。宽度=“60%”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - entrezfile < -执行(“extdata / SRF。entrez’,包= ' multicrispr”) txdb < - TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene:: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10。knownGene无形(genefile_to_granges (entrezfile txdb,补= TRUE)) # #——fig.width = 3.5, fig.height = 1.5,。宽度=“50%”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bsgenome < - BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10:: BSgenome.Mmusculus.UCSC。mm10 plot_intervals (char_to_granges (c (srf1 = chr13:119991554 - 119991569: +), bsgenome)) # #——fig.wide = TRUE, fig.show =“持有”,消息= FALSE。宽度=“60%”,fig.width = 7, fig.height = 3 - - - - - #旁边看不见(up_flank (targets0, -200,(1) #下侧面看不见(down_flank (targets0, 200)) #双侧面看不见(double_flank (targets0 -200, 1 + 1, + 200)) #扩展目标< -扩展(情节targets0, -22, 22日= TRUE) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -逆电流器< - find_spacers(目标、bsgenome补充= FALSE,不匹配= 0,subtract_targets = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - str (gr2dt(衬垫),vec.len = 2)