# #——安装、eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“infercnv”) # #——install-optionals, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # install.packages(“宠物猫”)# # install.packages (devtools) # devtools:: install_github (“bmbroom / tsvio”) # devtools:: install_github (“bmbroom / NGCHMR ref =“稳定”)# devtools:: install_github (“broadinstitute / inferCNV_NGCHM”) # # # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(echo = TRUE)库(infercnv) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - infercnv_obj = CreateInfercnvObject (raw_counts_matrix = " . . /本月/ extdata / oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix。广州”,annotations_file = " . . /本月/ extdata / oligodendroglioma_annotations_downsampled。txt”, delim = " \ t”, gene_order_file = " . . /本月/ extdata / gencode_downsampled.EXAMPLE_ONLY_DONT_REUSE。txt”, ref_group_names = c(“小胶质细胞/巨噬细胞”,“少突胶质细胞(良性)”))# #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - out_dir = tempfile () infercnv_obj_default = infercnv::运行(infercnv_obj,截止= 1,#截止= 1适用于Smart-seq2,截止10 = 0.1适用于x基因out_dir = out_dir cluster_by_groups = TRUE, plot_steps = FALSE,降噪= TRUE,嗯= FALSE, no_prelim_plot = TRUE, png_res = 60) # #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: include_graphics(粘贴(infercnv out_dir。”png”, 9 = " / ")) # #——sessioninfo,呼应= FALSE,整洁= TRUE, tidy.opts =列表(width.cutoff = 60)。宽度= 60——sessionInfo ()