# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置(echo = TRUE) knitr:美元:opts_knit设置(进步= FALSE) # #美元——消息= FALSE,警告= FALSE,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TCGAbiolinks)库(SummarizedExperiment)图书馆(dplyr)图书馆(DT) # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = F - - - - - - - - - - - - #加<——GDCquery_Maf(“胆固醇”,管道=“缪斯”)# #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = T,包括= F - - - - -加<——chol_maf@data # #——回声= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #只有第一个50,渲染速度数据表(加[1:20,],过滤器=“高级”,选择=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 5), rownames = FALSE) # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - query.maf。hg19 < - GDCquery(项目=“TCGA-CHOL”数据。类别= "简单的核苷酸变异”,数据。=“简单体细胞突变”,访问类型=“开放”,遗留= TRUE) # #——回声= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #检查加器可用数据表(dplyr:选择(getResults (query.maf.hg19),包含(“案件”)),过滤器=“高级”,选择=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 10), rownames = FALSE) # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = FALSE - - - - - - # query.maf。hg19 < - GDCquery(项目=“TCGA-CHOL”, #数据。类别= "简单的核苷酸变异”,#数据。type = "简单的体细胞突变”,#访问=“开放”,#文件。type = " bcgsc.ca_CHOL.IlluminaHiSeq_DNASeq.1.somatic。加器”,#遗留= TRUE) # GDCdownload (query.maf.hg19) #加<——GDCprepare (query.maf.hg19) # #——消息= FALSE,警告= FALSE,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < - bcgsc.ca_CHOL.IlluminaHiSeq_DNASeq.1.somatic数据。加# #——回声= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #只有第一个50,渲染速度数据表(加[1:20,],过滤器=“高级”,选择=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 5), rownames = FALSE) # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = FALSE - - - - - - #加<——getMC3MAF() # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = FALSE - - - - - #库(maftools) #库(dplyr) #加< - GDCquery_Maf(“胆固醇”,管道=“缪斯”)% > %阅读。加# #——消息= FALSE,警告= FALSE,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(maftools)库(dplyr)加<——chol_maf # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - -数据表(getSampleSummary(加),过滤器=“高级”,选择=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 5), rownames = FALSE) plotmafSummary(加=加rmOutlier = TRUE, addStat =“中位数”,仪表板= TRUE) # #——回声= TRUE,消息= FALSE, eval = FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - # oncoplot(加=加= 10,removeNonMutated = TRUE) # titv = titv(加=加,情节= FALSE, useSyn = TRUE) # # # plotTiTv情节titv总结(res = titv)