# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(SCANVIS)数据(SCANVISexamples)名称(gen19) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(gbm3) gbm3.scn < -SCANVISscan (sj = gbm3创= gen19 Rcut = 5, bam = NULL, samtools = NULL)头(gbm3.scn) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(gbm3.vcf) gbm3.scnv < -SCANVISlinkvar gbm3 (gbm3.scn, gbm3.vcf, gen19)。scnv [23] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gbm3。scnv [38:51) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gbm3.scnvp < -SCANVISlinkvar (gbm3.scn, gbm3.vcf gen19 p = 100)表(gbm3.scnv [' passedMUT '])表(gbm3.scnvp [' passedMUT ']) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - par (mfrow = c (2, 1), 3 = c (1, 1, 1, 1) vis.lusc1 < -SCANVISvisual (PPA2, gen19, LUSC [[1]], TITLE =名字(LUSC) [1], full.annot = TRUE, bam = NULL, samtools = NULL) vis.lusc2 < -SCANVISvisual (PPA2, gen19, LUSC [[2]], TITLE =名字(LUSC) [2], full.annot = TRUE, bam = NULL, samtools = NULL, USJ = RRS) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ASJ <多边形(vis.lusc2 [[2]]) [1:3] c2 < -SCANVISvisual (PPA2, gen19, LUSC [[2]], TITLE =名字(LUSC) [2], full.annot = TRUE, SJ.special = ASJ) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - vis.lusc。合并后的< -SCANVISvisual (PPA2, gen19 LUSC, TITLE =两个LUSC样本,合并,full.annot = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()