# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,消息= TRUE,警告= FALSE,缓存= FALSE, fig.align =‘中心’,fig.width = 5, fig.height = 4) # #——安装、eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (BiocManager,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # # BiocManager::安装(“BioNERO”) # #——load_package - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #加载包安装后库(BioNERO) set.seed为再现性(123)# # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (zma.se) # #加载示例数据集数据预处理final_exp < exp_preprocess (zma表达数据。variance_filter = TRUE, min_exp = 10日,n = 2000) # #——load_tfs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(zma.tfs)头(zma.tfs) # #——exp2grn fig.small = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用10棵树出于演示目的。使用默认:1000入库单< - exp2grn (exp = final_exp,监管者= zma。tfs基因,美元nTrees = 10)头(入库单)# #——genie3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用10棵树出于演示目的。使用默认:1000 genie3 < - grn_infer (final_exp方法=“genie3”,监管机构= zma。tfs基因,美元nTrees = 10)头(genie3)暗(genie3) # #——aracne - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aracne < - grn_infer (final_exp方法=“aracne”,监管机构=美元zma.tfs基因)头(aracne)暗(aracne) # # - - - - - clr - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - clr < - grn_infer (final_exp方法=“clr”,监管机构=美元zma.tfs基因)头(clr)暗(clr) # #——grn_combined - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - grn_list < - grn_combined (final_exp,监管者= zma。tfs基因,美元nTrees = 10)头(grn_list genie3美元)头(grn_list aracne美元)头(grn_list clr美元)# #——get_hubs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -中心<——get_hubs_grn(入库单)中心# #——plot_static fig.height = 4, fig.width = 4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_grn(入库单)# #——plot_interactive - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_grn(入库单、互动= TRUE, dim_interactive = c (500500) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()