xcms

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcms

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅xcms。

质和gc - ms数据分析

Bioconductor版本:3.13

框架处理和可视化的色谱分离和single-spectra质量的光谱数据。从友邦保险/进口安迪NetCDF、mzXML mzData和mzML文件。高通量的预处理数据,没有针对性分析物分析。

作者:科林·a·史密斯(施),拉尔夫Tautenhahn[所有],史蒂芬诺依曼(aut (cre)保罗•本顿(施)克里斯托弗·康利(施),约翰Rainer(施),迈克尔情报(施),威廉Kumler(施)

维修工:史蒂芬诺伊曼< sneumann在ipb-halle.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“xcms”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“xcms”)

HTML	R脚本	分组与xcms FTICR-MS数据
HTML	R脚本	质与xcms / MS数据分析
HTML	R脚本	与xcms LCMS数据预处理和分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	3.14.1
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 16.5年)
许可证	GPL(> = 2) +文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.17.7)
进口	mzR(> = 2.25.3)、方法Biobase,BiocGenerics,ProtGenerics(> = 1.23.7),晶格,RColorBrewer,plyr,RANN,MassSpecWavelet(> = 1.5.2),S4Vectors,robustbase,IRanges,SummarizedExperiment,MsCoreUtils
链接
建议	BiocStyle,caTools,knitr(> = 1.1.0),faahKO,msdata(> = 0.25.1),ncdf4,testthat,老鸨,magrittr,rmarkdown,乘,MALDIquant,pheatmap,光谱(> = 1.1.17),MsBackendMgf
SystemRequirements
增强了	Rgraphviz,rgl,XML
URL	https://github.com/sneumann/xcms
BugReports	https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
取决于我	相机,faahKO,flagme,首次公开募股,LOBSTAHS,金属底座,metaMS,ncGTW,proFIA,PtH2O2lipids
进口我	相机,cliqueMS,cosmiq,MAIT,Risa
建议我	CluMSID,MassSpecWavelet,msdata,msPurity,mtbls2,RforProteomics,RMassBank
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	xcms_3.14.1.tar.gz
Windows二进制	xcms_3.14.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	xcms_3.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ xcms
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
包下载报告	下载数据