variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅variancePartition。

量化和解释潜水员多层次基因表达变化的实验

Bioconductor版本:3.13

量化和解释多个源生物技术基因表达变化的实验。使用一个线性混合模型来量化基因表达的变化归因于个人,组织,时间点,或技术变量。包括梦微分表达式分析重复措施。

作者:加布里埃尔·e·霍夫曼

维护人员:加布里埃尔·e·霍夫曼<加布里埃尔。霍夫曼在mssm.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“variancePartition”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)使用variancePartition教程
HTML	R脚本	2)额外的可视化
PDF	R脚本	3)理论和实践的随机效应和REML
HTML	R脚本	4)梦想:微分表达式测试重复测量设计
HTML	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DifferentialExpression,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,转录组
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0),ggplot2,limma,BiocParallel,尺度,Biobase、方法
进口	质量,pbkrtest(> = 0.4 - 4),lmerTest,迭代器样条函数,foreach,doParallel,colorRamps,gplots,进步,reshape2,lme4(-10年> = 1.1),grDevices,图形,跑龙套,统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr,老鸨,rmarkdown,刨边机,dendextend,tximport,tximportData,舞会礼服,DESeq2,RUnit,BiocGenerics,r2glmm,readr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues
取决于我
进口我	马斯喀特
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	variancePartition_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	variancePartition_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ variancePartition
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
包下载报告	下载数据