三轮车

DOI:10.18129 / B9.bioc.tricycle

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见三轮车．

三轮车:细胞周期的可转移表示和推断

Bioconductor版本:3.13

该包包含使用单细胞RNASeq数据推断和可视化细胞周期过程的函数。它利用了迁移学习的思想，将新数据投射到先前学习的生物可解释空间。我们提供了一个预学习的细胞周期空间，可以用来推断人和小鼠单细胞样本的细胞周期时间。此外，我们还提供了在不同嵌入和函数上可视化单元周期时间的函数来构建新的引用。

作者:郑世杰[aut, cre]

维护人员:Shijie Zheng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tricycle")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“三轮车”)

超文本标记语言	R脚本	三轮车:细胞周期的可转移表示和推断
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文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，DimensionReduction，ImmunoOncology，RNASeq，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，SingleCellExperiment
进口	方法,圆形，ggplot2，AnnotationDbi，嘘，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，scattermore，dplyr，RColorBrewer， grDevices, stats，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，knitr，rmarkdown，CircStats，cowplot，htmltools，修拉，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/tricycle
BugReports	https://github.com/hansenlab/tricycle/issues
全靠我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tricycle_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	tricycle_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tricycle_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tricycle
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tricycle
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tricycle/
软件包下载报告	下载数据