treekoR

DOI:10.18129 / B9.bioc.treekoR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅treekoR。

血细胞计数集群层次结构和比例的父母

Bioconductor版本:3.13

treekoR是一个小说的框架,旨在利用单细胞血细胞计数数据的层次自然找健壮和解释的细胞子集之间的关联和患者临床终点。这些协会旨在概括嵌套在工作流比例普遍inovlving手动控制,经常被忽视的工作流使用自动聚类识别细胞群。我们开发了treekoR:派生细胞集群的层次树结构;细胞的比例测量比例父(树中的每个节点相对于细胞的数量属于它的父节点),除了比例对所有(细胞的比例在每个节点相对于所有细胞);执行意义测试使用比例计算;并提供一个交互式的html帮助突出关键结果可视化。

作者:亚当·陈(aut (cre),埃利斯帕特里克(施)

维护人员:亚当陈< adam.s。陈在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“treekoR”)

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文档

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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,FlowCytometry,ImmunoOncology,MassSpectrometry,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	属性,跑龙套,tidyr,dplyr,magrittr,data.table,ggiraph,ggplot2,hopach,猿,ggtree,拼接而成,SingleCellExperiment
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,催化剂,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	treekoR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	treekoR_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	treekoR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treekoR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ treekoR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/treekoR/
包下载报告	下载数据