treeio

DOI:10.18129 / B9.bioc.treeio

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅treeio

基类和函数的系统发育树的输入和输出

Bioconductor版本:3.13

“treeio”是一个R包,让它更容易导入并存储系统树与相关数据;和链接外部数据来自不同来源的发展史。它还支持导出系统树与树相关的异构数据到一个文件,可以作为一个平台合并树相关数据和转换文件格式。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),汤米Tsan-Yuk林施,解说,Shuangbin徐(施)琼斯,布拉德利(施),凯西邓恩(施),泰勒布拉德利(施)康斯坦凝胶(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“treeio”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“treeio”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“treeio”)

HTML R脚本 treeio
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,注释,聚类,DataImport,DataRepresentation,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,软件
版本 1.16.2
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.6.0)
进口 ,dplyr,jsonlite,magrittr、方法、rlang,宠物猫,tidytree(> = 0.3.0),跑龙套
链接
建议 Biostrings,ggplot2,ggtree,igraph,knitr,rmarkdown,phangorn,prettydoc,testthat,tidyr,发呜呜声,xml2,yaml
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/YuLab-SMU/treeio(猛击)https://docs.ropensci.org/treeio/(文档)https://yulab-smu.top/treedata-book/(书)
BugReports https://github.com/YuLab-SMU/treeio/issues
取决于我
进口我 ggtree,MicrobiotaProcess,TreeSummarizedExperiment
建议我 enrichplot,ggtreeExtra,rfaRm
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 treeio_1.16.2.tar.gz
Windows二进制 treeio_1.16.2.zip
macOS 10.13(高山脉) treeio_1.16.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treeio
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ treeio
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/treeio/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网