tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tradeSeq

trajectory-based微分表达式为测序数据分析

Bioconductor版本:3.13

tradeSeq拟合回归模型提供了一种灵活的方法,可以用来发现基因差异表达以及一个或多个血统的轨迹。基于拟合模型,它使用一个不同的测试适合回答感兴趣的问题,如发现基因的表达与拟时间有关,或者是差异表达(在一个特定地区)沿着轨迹。它符合负二项广义相加模型(GAM)对于每一个基因,并在GAM的参数进行推理。

作者:柯恩Van den Berge (aut),赫克托耳Roux de Bezieux (aut (cre)街,凯利(施),列文克莱门特(aut,施莱),Sandrine Dudoit(施)

维修工:赫克托耳Roux de Bezieux <赫克托耳。在berkeley.edu rouxdebezieux >

从内部引用(R,回车引用(“tradeSeq”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tradeSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tradeSeq”)

HTML 在条件的差异表达
HTML R脚本 单片眼镜+ tradeSeq
HTML R脚本 更多细节和fitGAM一起工作
HTML R脚本 tradeSeq工作流
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,TimeCourse,转录组,可视化
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6)
进口 mgcv,刨边机,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,弹弓,magrittr,RColorBrewer,BiocParallel,Biobase,pbapply,ggplot2,princurve、方法、单片眼镜,igraph,S4Vectors,宠物猫,矩阵,冬青,matrixStats
链接
建议 knitr,rmarkdown,testthat,covr,clusterExperiment
SystemRequirements
增强了
URL https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
取决于我 OSCA.advanced
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 tradeSeq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 tradeSeq_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉) tradeSeq_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tradeSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
包下载报告 下载数据

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