这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tradeSeq。
Bioconductor版本:3.13
tradeSeq拟合回归模型提供了一种灵活的方法,可以用来发现基因差异表达以及一个或多个血统的轨迹。基于拟合模型,它使用一个不同的测试适合回答感兴趣的问题,如发现基因的表达与拟时间有关,或者是差异表达(在一个特定地区)沿着轨迹。它符合负二项广义相加模型(GAM)对于每一个基因,并在GAM的参数进行推理。
作者:柯恩Van den Berge (aut),赫克托耳Roux de Bezieux (aut (cre)街,凯利(施),列文克莱门特(aut,施莱),Sandrine Dudoit(施)
维修工:赫克托耳Roux de Bezieux <赫克托耳。在berkeley.edu rouxdebezieux >
从内部引用(R,回车引用(“tradeSeq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tradeSeq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“tradeSeq”)
HTML | 在条件的差异表达 | |
HTML | R脚本 | 单片眼镜+ tradeSeq |
HTML | R脚本 | 更多细节和fitGAM一起工作 |
HTML | R脚本 | tradeSeq工作流 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,TimeCourse,转录组,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6) |
进口 | mgcv,刨边机,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,弹弓,magrittr,RColorBrewer,BiocParallel,Biobase,pbapply,ggplot2,princurve、方法、单片眼镜,igraph,S4Vectors,宠物猫,矩阵,冬青,matrixStats |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,covr,clusterExperiment |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html |
BugReports | https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues |
取决于我 | OSCA.advanced |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | tradeSeq_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | tradeSeq_1.6.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | tradeSeq_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tradeSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |