topconfects

DOI:10.18129 / B9.bioc.topconfects

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅topconfects。

最自信的尺度效应

Bioconductor版本:3.13

排名结果自信的尺度效应,同时保持错误发现率和错误Coverage-statement率控制。Topconfects是另一种的治疗结果与改进的可用性,消除假定值界限,而是提供信心。主应用程序差异基因表达分析、提供基因排名的顺序自信log2褶皱的变化,但它可以应用于任何相关标准误差尺度效应的集合。

作者:保罗·哈里森(aut (cre)

维护人员:保罗·哈里森<保罗。哈里森在monash.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“topconfects”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“topconfects”)

HTML	R脚本	topconfects的概述
HTML	R脚本	自信的褶皱变化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,RNASeq,回归,软件,转录组,mRNAMicroarray
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	lgpl - 2.1 |文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	方法,跑龙套,统计数据,为了,ggplot2
链接
建议	limma,刨边机,statmod,DESeq2,ashr,NBPSeq,dplyr,testthat,reshape2,tidyr,readr,org.At.tair.db,AnnotationDbi,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pfh/topconfects
BugReports	https://github.com/pfh/topconfects/issues
取决于我
进口我	MetaVolcanoR,weitrix
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	topconfects_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	topconfects_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	topconfects_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topconfects
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topconfects
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topconfects/
包下载报告	下载数据