tofsims

DOI:10.18129 / B9.bioc.tofsims

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tofsims。

导入过程和飞行时间二次离子质谱分析(ToF-SIMS)成像数据

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了一个管道进口、加工、分析ToF-SIMS 2 d图像数据。Iontof和Ulvac-Phi进口原料或预处理数据支持。质量校准,rawdata挑选峰值和峰值集成存在。一般funcionality包括数据装箱、缩放、图像构造子集和可视化。一系列多元工具ToF-SIMS社区常见的实现(PCA, MCR,乘加、延长)。接口到bioconductor图像处理包EBImage提供了图像分割功能。

作者:洛伦兹格柏,越南梅

维护人员:洛伦兹Gerber < genfys gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tofsims”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tofsims”)

HTML	R脚本	工作流与“tofsims”包
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImagingMassSpectrometry,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.3.0)、方法、效用,ProtGenerics
进口	Rcpp(> = 0.11.2),肌萎缩性侧索硬化症,阿尔萨斯,信号,KernSmooth、图形、grDevices统计数据
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	EBImage,knitr,rmarkdown,testthat,tofsimsData,BiocParallel,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/lorenzgerber/tofsims
BugReports	https://github.com/lorenzgerber/tofsims/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tofsims_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	tofsims_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	tofsims_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tofsims
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tofsims
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tofsims/
包下载报告	下载数据