systemPipeShiny

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeShiny

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见systemPipeShiny．

systemPipeShiny:工作流管理和可视化的交互式框架

Bioconductor版本:3.13

systemPipeShiny (SPS)通过Shiny App提供的多功能图形用户界面扩展了广泛使用的systemPipeR (SPR)工作流环境。这允许非R用户(如实验人员)交互式地运行许多systemPipeR的工作流设计、控制和可视化功能，而不需要R的知识。最重要的是，SPS被设计为一个通用框架，用于以直观的方式与其他R包交互。像大多数闪亮的应用程序一样，SPS既可以在本地计算机上使用，也可以在基于服务器的集中式部署上使用，可以作为公共web服务远程访问，使用社区和/或私有数据使用SPR的功能。该框架可以集成来自R/Bioconductor生态系统的许多核心包。SPS目前的功能包括:(a)使用易于使用的表格编辑器或文件上传器交互式创建实验设计和元数据;(b)工作流拓扑的可视化，结合交互式设计工作流的自动生成R Markdown预览;(d)使用广泛的数据处理程序;(e)和一组可扩展的可视化功能。复杂的可视化结果可以在“画布工作台”上进行管理，允许用户以有效的方式结合会话快照功能来组织和比较图，以便在以后继续工作。目前的一套预先配置的可视化示例。SPR的模块化设计使得在不了解Shiny的情况下很容易设计定制功能，以及在未来通过社区的贡献扩展环境。

作者:张乐[aut, cre]， Daniela Cassol [aut]， Ponmathi Ramasamy [aut]，张建海[aut]， Gordon Mosher [aut]， Thomas Girke [aut]

维护者:乐张<乐。张001在emem.ucr.edu >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")安装("systemPipeShiny")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeShiny”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeShiny
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，ExperimentalDesign，基础设施，质量控制，ReportWriting，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，闪亮的(> = 1.5.0),spsUtil(> = 0.1.2),spsComps(> = 0.3.0),抽屉里
进口	DT，为了，bsplus，蜡笔，dplyr，ggplot2，htmltools，胶水，magrittr、方法、情节，rlang，rstudioapi，shinyAce，shinyFiles，shinyWidgets，shinydashboard，shinydashboardPlus(> = 2.0.0),shinyjqui，shinyjs，shinytoastr，stringr统计数据,斯泰勒，宠物猫跑龙套,发呜呜声(> = 1.3.1),yaml，R6，RSQLite，openssl
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，systemPipeR，systemPipeRdata，networkD3，rhandsontable，邮政编码，callr，pushbar，fs，readr，R.utils，点，shinyTree，DESeq2，SummarizedExperiment，glmpca，pheatmap、网格猿，ggtree，Rtsne，UpSetR，tidyr，esquisse(> = 1.0.0),导游
SystemRequirements
增强了
URL	https://systempipe.org/spshttps://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny
BugReports	https://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeShiny_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeShiny_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	systemPipeShiny_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeShiny
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeShiny
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeShiny/
软件包下载报告	下载数据