systemPipeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅systemPipeR。

systemPipeR:门店工作流和报告生成环境

Bioconductor版本:3.13

R包来构建和运行自动化的端到端分析工作流广泛的下一代序列(上天)应用程序,如RNA-Seq ChIP-Seq, VAR-Seq Ribo-Seq。重要特性包括一个统一的工作流接口在不同门店应用程序,自动报告生成,并支持R和命令行运行软件,如门店调整器或峰值/变量调用者,在本地计算机或计算集群。有效地处理复杂的样本集和实验设计是通过持续实现样本注释的基础设施。说明使用systemPipeR给出概述装饰图案(HTML)。剩下的小插曲,下面链接,是常见的门店用例的工作流模板。

作者:托马斯Girke

维护人员:托马斯Girke <托马斯。在ucr.edu girke >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“systemPipeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“systemPipeR”)

HTML	R脚本	systemPipeR和CWL
HTML	R脚本	systemPipeR:工作流设计和报告生成环境
HTML	R脚本	systemPipeR:工作流收集
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,DataImport,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,MethylSeq,质量控制,RNASeq,ReportWriting,RiboSeq,单核苷酸多态性,测序,软件,工作流
版本	1.26.3
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rsamtools(> = 1.31.2),Biostrings,ShortRead(> = 1.37.1)方法
进口	GenomicRanges,GenomicFeatures(> = 1.31.3),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.25.11),rjson,ggplot2,limma,刨边机,DESeq2,GOstats,GO.db,注释,pheatmap,batchtools,yaml,stringr,为了,magrittr,点,rsvg,IRanges,testthat,S4Vectors,蜡笔
链接
建议	BiocGenerics,猿,BiocStyle,knitr,rmarkdown,biomaRt,BiocParallel,BiocManager,systemPipeRdata,GenomicAlignments、网格DT,dplyr,kableExtra
SystemRequirements	systemPipeR可用于外部命令行运行软件(如短读准仪),但相应的工具需要安装在一个系统。
增强了
URL	https://systempipe.org/
取决于我
进口我	DiffBind,RNASeqR
建议我	systemPipeRdata,systemPipeShiny,systemPipeTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	systemPipeR_1.26.3.tar.gz
Windows二进制	systemPipeR_1.26.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	systemPipeR_1.26.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeR/
包下载报告	下载数据