structToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.structToolbox

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅structToolbox。

数据处理与分析工具,用于代谢组学等组学

Bioconductor版本:3.13

一套更广泛的数据(前)处理和代谢组学等组学的分析方法和工具,重点强调统计和机器学习。这个工具允许用户构建广泛的和标准化的工作流程进行数据分析。使用基于类的模板实现的方法和工具已经提供的结构(R使用基于类的模板统计)包。工具箱包括预处理方法(如信号漂移和批处理校正、正常化、缺失值归责和缩放),单变量(如:tt,各种形式的方差分析,克鲁斯卡尔-沃利斯检验等等)和多元统计方法(例如PCA和请,包括交叉验证和排列测试)以及机器学习方法(如支持向量机)。统计本体(档案馆)集成和实施提供标准化的定义为不同的方法、输入和输出。

作者:加文·里斯•劳埃德(aut (cre),拉尔夫约翰内斯·玛丽亚·韦伯(aut)

维修工:加文·里斯•劳埃德<广义相对论。劳埃德在bham.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“structToolbox”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“structToolbox”)

HTML	R脚本	数据分析使用structToolbox代谢组学等组学数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	代谢组学,软件,WorkflowStep
版本	3
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),结构体(> = 1.2.0)
进口	ggplot2,ggthemes、网格gridExtra、方法、尺度,sp统计,跑龙套
链接
建议	agricolae,BiocFileCache,BiocStyle,车,covr,cowplot,e1071,emmeans,ggdendro,knitr,魔法,nlme,openxlsx,请,pmp,reshape2,ropls,rmarkdown,Rtsne,testthat
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我	metabolomicsWorkbenchR
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包档案

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源包	structToolbox_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	structToolbox_1.4.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	structToolbox_1.4.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structToolbox
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ structToolbox
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/structToolbox/
包下载报告	下载数据