飞溅

DOI:10.18129 / B9.bioc.splatter

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅飞溅

RNA单细胞测序数据的简单模拟

Bioconductor版本:3.13

飞溅的仿真包单细胞RNA序列计数数据。它提供了一个简单的接口来创建复杂的模拟,可再生的,证据确凿的。参数可以提供真实的数据和函数的估计比较真实和模拟数据集。

作者:路加福音Zappia (aut (cre),贝琳达Phipson (aut)Christina Azodi(施),艾丽西亚Oshlack (aut)

在lazappi.id.au维护者:卢克Zappia <路加福音>

从内部引用(R,回车引用(“飞溅”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“飞溅”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“飞溅”)

HTML R脚本 介绍飞溅包
HTML R脚本 长条木板仿真参数
HTML R脚本 splatPop模拟
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本 1.16.1
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.0),SingleCellExperiment
进口 BiocGenerics,BiocParallel,使彻底失败(> = 2.0.0),刨边机,fitdistrplus,ggplot2,locfit,matrixStats、方法、尺度,(> = 1.15.16),统计数据,SummarizedExperiment跑龙套,蜡笔,S4Vectors,grDevices
链接
建议 BiocStyle,covr,cowplot,魔法,knitr,limSolve,lme4,进步,pscl,testthat,preprocessCore,rmarkdown,scDD,食物,mfa,phenopath,基础知识(> = 1.7.10),zinbwave,SparseDC,BiocManager,拼写,igraph,天窗,BiocSingular,VariantAnnotation,Biostrings,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Oshlack/splatter
BugReports https://github.com/Oshlack/splatter/issues
取决于我
进口我 digitalDLSorteR
建议我 NewWave,司康饼,scPCA,SummarizedBenchmark
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 splatter_1.16.1.tar.gz
Windows二进制 splatter_1.16.1.zip
macOS 10.13(高山脉) splatter_1.16.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/splatter
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/飞溅
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/splatter/
包下载报告 下载数据

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