飞溅

DOI:10.18129 / B9.bioc.splatter

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅飞溅。

RNA单细胞测序数据的简单模拟

Bioconductor版本:3.13

飞溅的仿真包单细胞RNA序列计数数据。它提供了一个简单的接口来创建复杂的模拟,可再生的,证据确凿的。参数可以提供真实的数据和函数的估计比较真实和模拟数据集。

作者:路加福音Zappia (aut (cre),贝琳达Phipson (aut)Christina Azodi(施),艾丽西亚Oshlack (aut)

在lazappi.id.au维护者:卢克Zappia <路加福音>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“飞溅”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“飞溅”)

HTML	R脚本	介绍飞溅包
HTML	R脚本	长条木板仿真参数
HTML	R脚本	splatPop模拟
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics,BiocParallel,使彻底失败(> = 2.0.0),刨边机,fitdistrplus,ggplot2,locfit,matrixStats、方法、尺度,嘘(> = 1.15.16),统计数据,SummarizedExperiment跑龙套,蜡笔,S4Vectors,grDevices
链接
建议	BiocStyle,covr,cowplot,魔法,knitr,limSolve,lme4,进步,pscl,testthat,preprocessCore,rmarkdown,scDD,食物,mfa,phenopath,基础知识(> = 1.7.10),zinbwave,SparseDC,BiocManager,拼写,igraph,天窗,BiocSingular,VariantAnnotation,Biostrings,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Oshlack/splatter
BugReports	https://github.com/Oshlack/splatter/issues
取决于我
进口我	digitalDLSorteR
建议我	NewWave,司康饼,scPCA,SummarizedBenchmark
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	splatter_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	splatter_1.16.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	splatter_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/splatter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/飞溅
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/splatter/
包下载报告	下载数据