specL

DOI:10.18129 / B9.bioc.specL

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见specL．

准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学

Bioconductor版本:3.13

提供了一个生成光谱库的函数，可用于蛋白质组学中的MRM SRM MS工作流程。该软件包提供了一个BiblioSpec阅读器，一个可以使用FASTA格式的氨基酸文件添加蛋白质信息的函数，以及一个用于在Spectronaut软件中使用创建的库的导出方法。该软件包在苏黎世功能基因组学中心开发、测试和使用 ．

作者:Christian Panse [aut, cre]，乔纳斯·格罗斯曼[au]，特拉克塞尔[aut]，沃斯基[ctb]

维护者:Christian Panse

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("specL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“specL”)

超文本标记语言	R脚本	自动工作流程
PDF	R脚本	specL简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	bio3.0 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)，DBI(>= 0.5)，方法(>= 3.3)protViz(> = 0.5),RSQLite(> = 1.1),seqinr(> = 3.3)
进口
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle(> = 2.2),knitr(> = 1.15),rmarkdown，RUnit(> = 0.4)
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
BugReports	https://github.com/fgcz/specL/issues
全靠我
进口我
建议我	msqc1，NestLink
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	specL_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	specL_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	specL_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/specL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/specL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
软件包下载报告	下载数据