specL

DOI:10.18129 / B9.bioc.specL

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见specL

准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学

Bioconductor版本:3.13

提供了一个生成光谱库的函数,可用于蛋白质组学中的MRM SRM MS工作流程。该软件包提供了一个BiblioSpec阅读器,一个可以使用FASTA格式的氨基酸文件添加蛋白质信息的函数,以及一个用于在Spectronaut软件中使用创建的库的导出方法。该软件包在苏黎世功能基因组学中心开发、测试和使用

作者:Christian Panse [aut, cre],乔纳斯·格罗斯曼[au],特拉克塞尔[aut],沃斯基[ctb]

维护者:Christian Panse

引文(从R内,输入引用(“specL”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("specL")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“specL”)

超文本标记语言 R脚本 自动工作流程
PDF R脚本 specL简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews MassSpectrometry蛋白质组学软件
版本 1.26.0
在Bioconductor bio3.0 (R-3.1)(7年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6),DBI(>= 0.5),方法(>= 3.3)protViz(> = 0.5),RSQLite(> = 1.1),seqinr(> = 3.3)
进口
链接
建议 BiocGenericsBiocStyle(> = 2.2),knitr(> = 1.15),rmarkdownRUnit(> = 0.4)
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
BugReports https://github.com/fgcz/specL/issues
全靠我
进口我
建议我 msqc1NestLink
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 specL_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 specL_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) specL_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/specL
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/specL
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
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