这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅segmentSeq。
Bioconductor版本:3.13
高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以对齐到基因组创建一组匹配的基因组。通过寻找的基因组区域密度较高的匹配,我们可以推断出一个细分的基因组生物学意义的地区。这个包中的方法允许从多个样本同时分割数据,考虑到复制数据,以创建一个共识分割。这有明显的应用程序的类测序实验,特别是在发现小RNA基因座和小说mRNA转录组的发现。
作者:Thomas j . Hardcastle
维护人员:托马斯·Hardcastle < tjh48在cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“segmentSeq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“segmentSeq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“segmentSeq”)
R脚本 | segmentSeq:小RNA轨迹检测 | |
R脚本 | segmentsSeq:甲基化位点识别 | |
参考手册 |
biocViews | 对齐,DataImport,DifferentialExpression,MultipleComparison,质量控制,测序,软件 |
版本 | 2.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.6 (r - 2.11)(11.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R(> = 3.0.0)、方法baySeq(> = 2.9.0),S4Vectors平行,GenomicRanges,ShortRead,统计数据 |
进口 | Rsamtools,IRanges,GenomeInfoDb、图形grDevices跑龙套,abind |
链接 | |
建议 | BiocStyle,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | segmentSeq_2.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | segmentSeq_2.26.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | segmentSeq_2.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmentSeq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ segmentSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/segmentSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |