颈背
DOI:10.18129 / B9.bioc.scruff
此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见颈背．
单细胞RNA-Seq UMI过滤辅助器(scruff)
Bioconductor版本:3.13
处理单细胞RNA-seq (scRNA-seq)从CEL-seq和CEL-seq2协议读取的管道。分解scRNA-seq FASTQ文件，使用Rsubread将读取序列对齐到引用基因组，并生成UMI过滤计数矩阵。还提供读取对齐和对齐前和对齐后QC度量的可视化。
作者:王哲[aut, cre]，胡俊明[aut]， Joshua Campbell [aut]
维护者:哲王<哲在bu.edu>
引文(从R内，输入引用(颈背))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scruff")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(颈背)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用scruff处理单细胞RNA-Seq读取 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 对齐，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，技术，可视化，WorkflowStep |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(3年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0) |
| 进口 | data.table，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，Rsamtools，ShortRead平行,plyr，BiocGenerics，BiocParallel，S4Vectors，AnnotationDbi，Biostrings、方法、ggplot2，ggthemes，尺度，GenomeInfoDb，stringdist，ggbio，rtracklayer，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，Rsubread |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/campbio/scruff/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scruff_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scruff_1.10.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | scruff_1.10.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scruff |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scruff/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
