食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见食物．

单细胞rna序列数据分析方法

Bioconductor版本:3.13

实现单细胞RNA-seq数据解释的其他功能。提供了细胞周期阶段的分配、高变量和显著相关基因的检测、标记基因的鉴定等常规单细胞分析工作流程中的常见任务的方法。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Karsten Bach [aut]， Jong Kyoung Kim [ctb]， Antonio Scialdone [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scran")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“残渣”)

超文本标记语言	R脚本	使用scran分析scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.20.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment，天窗
进口	SummarizedExperiment，S4Vectors，BiocGenerics，BiocParallel，Rcpp，统计，方法，utils，矩阵，刨边机，limma，igraph，statmod，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocSingular，咆哮，metapod，dqrng，beachmat
链接	Rcpp，beachmat，黑洞，dqrng，天窗
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，HDF5Array，scRNAseq，dynamicTreeCut，ResidualMatrix，ScaledMatrix，DESeq2，单片眼镜，Biobase，pheatmap，嘘
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我	OSCA。先进,OSCA。basic, OSCA.intro, OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我	基础知识，BayesSpace，celda，ChromSCape，CiteFuse，conclus，IRISFGM，msImpute，mumosa，pipeComp，scDblFinder，scDD，SingleCellSignalR，singleCellTK，猎犬
建议我	后面;，咆哮，CellTrails，clusterExperiment，dittoSeq，ExperimentSubset，fcoex，glmGamPoi，HCAData，iSEEu，miloR，Nebulosa，PCAtools，schex，司康饼，天窗，simpleSingleCell，SingleCellMultiModal，单，一口，飞溅，TabulaMurisData，tidySingleCellExperiment，TSCAN，伶盗龙
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scran_1.20.1.tar.gz
Windows二进制	scran_1.20.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scran_1.20.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scran
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scran/
软件包下载报告	下载数据