司康饼

DOI:10.18129 / B9.bioc.scone

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见司康饼

规范化表达式数据的单单元概述

Bioconductor版本:3.13

SCONE是一个R包,用于比较和排名单细胞RNA-seq和其他高通量分析的不同归一化方案的性能。

作者:Michael Cole [aut, cph], Davide Risso [aut, cre, cph], Matteo Borella [ctb], Chiara Romualdi [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“烤饼”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scone")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“烤饼”)

超文本标记语言 R脚本 SCONE简介
超文本标记语言 R脚本 PsiNorm正常化
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道GeneExpressionImmunoOncology归一化预处理质量控制RNASeq测序SingleCell软件转录组
版本 1.16.1
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.4),方法,SummarizedExperiment
进口 图形,统计,效用,aroma.lightBiocParallel集群作文diptest刨边机fpcgplotsgrDevices,hexbinlimmamatrixStatsmixtoolsRColorBrewer引导rhdf5RUVSeqrARPACKMatrixGenericsSingleCellExperiment
链接
建议 BiocStyleDTggplot2knitrminiUINMF情节reshape2rmarkdown食物scRNAseq闪亮的testthatvisNetworkdoParallelBatchJobs飞溅kableExtramclustTENxPBMCData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/YosefLab/scone/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scone_1.16.1.tar.gz
Windows二进制 scone_1.16.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scone_1.16.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scone
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scone
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scone/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网