scFeatureFilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.scFeatureFilter

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见scFeatureFilter

一种基于相关的单细胞RNAseq数据质量滤波方法

Bioconductor版本:3.13

Joshi实验室开发的基于相关性的方法的R实现,用于分析和过滤处理过的单细胞RNAseq数据。它返回数据的过滤版本,仅包含不受系统噪声影响的基因表达值。

作者:Angeles Arzalluz-Luque [aut], Guillaume Devailly [aut, cre], Anagha Joshi [aut]

维护者:Guillaume Devailly

引文(从R内,输入引用(“scFeatureFilter”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scFeatureFilter")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scFeatureFilter”)

超文本标记语言 R脚本 介绍scFeatureFilter
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpressionImmunoOncology预处理RNASeqSingleCell软件
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(3.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6)
进口 dplyr(> = 0.7.3),ggplot2(> =魅惑,magrittr(> = 1.5),rlang(> = 0.1.2),宠物猫(>= 1.3.4),统计,方法
链接
建议 testthatknitrrmarkdownBiocStyleSingleCellExperimentSummarizedExperimentscRNAseqcowplot
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scFeatureFilter_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 scFeatureFilter_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scFeatureFilter_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scFeatureFilter
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scFeatureFilter
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scFeatureFilter/
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