scDblFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDblFinder

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见scDblFinder

scDblFinder

Bioconductor版本:3.13

scDblFinder包收集了用于检测和处理单细胞RNA测序数据(即在同一液滴或反应体积内捕获的多个细胞)中的双联体/多联体的各种方法。它包括以前在scran包中找到的方法,以及新的快速而全面的scDblFinder方法。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut],艾伦·伦[ctb]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

引文(从R内,输入引用(“scDblFinder”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scDblFinder")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scDblFinder”)

超文本标记语言 R脚本 1 _introduction
超文本标记语言 R脚本 2 _scdblfinder
超文本标记语言 R脚本 3 _finddoubletclusters
超文本标记语言 R脚本 4 _computedoubletdensity
超文本标记语言 5 _recoverdoublets
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 预处理RNASeqSingleCell软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 igraph矩阵BiocGenericsBiocParallelBiocNeighborsBiocSingularS4VectorsSummarizedExperimentSingleCellExperiment食物天窗咆哮、方法、DelayedArrayxgboost,统计,utils,mbkmeans
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatscRNAseqcirclizeComplexHeatmapggplot2dplyr质量viridisLite
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/plger/scDblFinder
BugReports https://github.com/plger/scDblFinder/issues
全靠我 OSCA.advanced
进口我 singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scDblFinder_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 scDblFinder_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scDblFinder_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDblFinder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scDblFinder/
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