scDD

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDD

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scDD。

单细胞RNA-seq数据的混合建模与微分分布识别基因

Bioconductor版本:3.13

这个方案实现了一个方法来分析单细胞RNA - seq数据利用灵活的狄利克雷过程混合模型。分布差异表达基因分为几个有趣的模式两种情况之间的差异。包还包括函数模拟数据与这些模式从负二项分布。

作者:基冈Korthauer (cre, aut)

维护人员:基冈Korthauer <基冈在stat.ubc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scDD”)

PDF	R脚本	scDD快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,聚类,DifferentialExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,RNASeq,SingleCell,软件,可视化
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4)
进口	字段,mclust,BiocParallel,离群值,ggplot2,EBSeq,手臂,SingleCellExperiment,SummarizedExperimentgrDevices,图形,统计数据,S4Vectors,食物
链接
建议	BiocStyle,knitr,gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kdkorthauer/scDD
BugReports	https://github.com/kdkorthauer/scDD/issues
取决于我
进口我
建议我	飞溅
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scDD_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	scDD_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scDD_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDD/
包下载报告	下载数据