sangeranalyseR

DOI:10.18129 / B9.bioc.sangeranalyseR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅sangeranalyseR。

sangeranalyseR:一套函数R桑格序列数据的分析

Bioconductor版本:3.13

这个包是建立在sangerseqR允许用户创建叠连群Sanger测序读的集合。它提供了一个广泛的选择为一些常见的行为包括阅读修剪,检测二次峰值,并使用一个参考序列检测indels。所有的参数都可以交互地调整在R或相关的应用程序。有广泛的在线文档,包可以输出详细的HTML报告,包括色谱。

作者:罗伯Lanfear <抢劫。lanfear gmail.com >, Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

维修工:Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sangeranalyseR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sangeranalyseR”)

HTML	R脚本	sangeranalyseR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,GUI,遗传学,预处理,质量控制,SangerSeq,测序,软件,可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0),stringr,猿,Biostrings,解读平行,reshape2,phangorn,sangerseqR,gridExtra,闪亮的,shinydashboard,shinyjs,data.table,情节,DT,zeallot,excelR,shinycssloaders,ggdendro,shinyWidgets,openxlsx、工具、rmarkdown,kableExtra,seqinr,BiocStyle,日志记录器
进口
链接
建议	knitr,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sangeranalyseR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sangeranalyseR_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	sangeranalyseR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sangeranalyseR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sangeranalyseR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sangeranalyseR/
包下载报告	下载数据