samExploreR

DOI:10.18129 / B9.bioc.samExploreR

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.13版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅samExploreR。

samExploreR包:高性能阅读综述计算向量的avaliability测序深度还原模拟

Bioconductor版本:3.13

这个R包是专为二次抽样过程模拟与降低测序深度测序实验。这个包可以用来anlayze数据来自所有主要的测序平台如Illumina公司GA, HiSeq, MiSeq,罗氏GS-FLX, ABI固体和LifeTech离子的PGM质子测序。它支持多个操作系统incluidng Linux、Mac OS X、FreeBSD和Solaris。与使用Rsubread发达。

作者:Alexey Stupnikov, Shailesh Tripathi和弗兰克Emmert-Streib

维护人员:shailesh tripathi < shailesh。tripathy gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“samExploreR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,DNASeq,GeneExpression,GeneRegulation,GeneTarget,GeneticVariability,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,SequenceMatching,测序,软件,WholeGenome
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	ggplot2,Rsubread,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,刨边机R (> = 3.4.0)
进口	grDevices、统计图形
链接
建议	BiocStyle,RUnit,BiocGenerics,矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/samExploreR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ samExploreR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/samExploreR/
包下载报告	下载数据