sRACIPE

DOI:10.18129 / B9.bioc.sRACIPE

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见sRACIPE．

系统生物学工具，模拟基因调节电路

Bioconductor版本:3.13

sRACIPE实现了一种基于随机化的基因电路建模方法。它允许我们研究基因表达噪声和参数变化对任何基因调控电路(GRC)的影响，只使用它的拓扑结构，并在多个噪声水平下模拟具有随机动力学参数的模型集合。对生成的基因表达进行统计分析，揭示了各种表型状态的吸引力和稳定性及其与内在和外在噪声相关的变化。scracipe提供了一个整体的图片来评估细胞过程的随机性质和参数变化的影响。

作者:Vivek Kohar [aut, cre]，吕明阳[aut]

维护者:Vivek Kohar < Vivek。Kohar在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("sRACIPE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sRACIPE”)

超文本标记语言	R脚本	一个用于基因调控电路模拟的系统生物学工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GeneTarget，MathematicalBiology，ResearchField，软件，SystemsBiology
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，SummarizedExperiment、方法、Rcpp
进口	ggplot2，reshape2，质量，RColorBrewer，gridExtra，visNetwork，gplots，umap，htmlwidgets，S4Vectors，BiocGenerics， grDevices，统计，utils，图形
链接	Rcpp
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown，tinytest，doFuture
SystemRequirements
增强了
URL	https://vivekkohar.github.io/sRACIPE/https://github.com/vivekkohar/sRACIPEhttps://geneex.jax.org/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sRACIPE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	sRACIPE_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sRACIPE_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sRACIPE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sRACIPE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sRACIPE/
软件包下载报告	下载数据