rtracklayer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rtracklayer

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见rtracklayer

R界面到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

Bioconductor版本:3.13

可扩展的框架,用于与多个基因组浏览器交互(目前内置UCSC),并以各种格式操作注释轨道(目前内置GFF、BED、bedGraph、BED15、WIG、BigWig和2bit)。用户可以从受支持的浏览器中导出/导入曲目,以及查询和修改浏览器状态,例如当前的视口。

作者:迈克尔·劳伦斯,文斯·凯里,罗伯特·绅士

维护者:Michael Lawrence

引文(从R内,输入引用(“rtracklayer”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“rtracklayer”)

PDF R脚本 rtracklayer
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 安装
文本 许可证

细节

biocViews 注释DataImport软件可视化
版本 1.52.1
在Bioconductor BioC 2.2 (R-2.7)(13.5年)
许可证 art -2.0 +文件许可证
取决于 R(>= 3.3),方法,GenomicRanges(> = 1.37.2)
进口 XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.35.3),S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbiocRCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocIO、工具、restfulr(> = 0.0.13)
链接 S4VectorsIRangesXVector
建议 BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell(> = 1.1.1),genefilterlimmaorg.Hs.eg.dbhgu133plus2.dbGenomicFeaturesBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneRUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 BRGenomicsBSgenomeCAGEfightRChIPCompChIPSeqSpikeCoverageViewCSSQ腰带EatonEtAlChIPseqExClustergeneXtendeRGenomicFilesgroHMM吉他HelloRangesIdeoVizliftOverMethylSeekRORFhunteRr3Cseq测序StructuralVariantAnnotation
进口我 阿尔卑斯山脉AnnotationHubDataannotatrAPAlyzerASpediaFIATACseqQC舞会礼服BgeeCallbiscuiteerBiSeq分歧点BSgenome篮球选手卡斯珀CexoRChIPanalyserchipenrichchipenrich.dataChIPpeakAnnoChIPseekerChromHeatMapChromSCapechromswitchcircRNAprofilercn彗星compartmapCompGOconsensusSeekeRcontiBAITconumeecustomProDB位深蓝derfinderDEScan2diffHicdiffloopdiffUTRDMCFBDMCHMMDMRcatedatadmrseq埃尔默ENCODExplorerenrichTFensembldbepidecodeRepigraHMMermaesATACexomePeak2fcScangenbankrgeneAttributiongeneLenDataBaseGeneStructureToolsgenomationGenomicFeaturesGenomicInteractionsGenomicStategenotypeevalggbiogmapRgmoviz哥特GreyListChIPGvizhiAnnotatorHiCDCPlusHiTCHTSeqGenieiceteaigvR检查InTADIsoformSwitchAnalyzeRkaryoploteRMACPETMADSEQ微波激射器MEDIPSmetagenemetagene2metaseqR2methrixmethyAnalysismethylKitmotifbreakRMotifDbmulticrisprNADfindernanotatoRnearByndingNoRCEnormrOMICsPCAORFik过去的periodicDNAplyranges婴儿车primirTSSproBAMrprofileplyrPureCNqseaQuasR美国广播公司重新计票recount3收回地区REMPRepitoolsRGMQLRiboProfilingribosomeProfilingQCRIPATRNAmodRRNAprobR咆哮SCANVISscPipe颈背seqCATseqplotsseqsetvissevenCSGSeqshinyepicoSigsPackSingscoreAMLMutationssitadelasoGGisrnadiffsystemPipeRdataTFBSToolstrackViewertranscriptRtRNAscanImportTSRchitectVariantAnnotationVariantToolswavClusteRwiggleplotr
建议我 高山AnnotationHub自治BiocFileCachebiovizBasebsseqchipseqDB西塞罗CINdexcompEpiToolsCrispRVariantsDAMEfinderdasperdsQTLeisaREpiTxDb.Hs.hg38EpiTxDb.Sc.sacCer3epivizrChartepivizrDataFDb.FANTOM4.promoters.hg19geneXtendeRGenomicAlignmentsGenomicDistributionsGenomicRangesGeuvadisTranscriptExprgoseqgwascatInPASinteractiveDisplaymegadepthmethylumimiRBaseConverterMutationalPatterns纳米管OrganismDbiPasillaTranscriptExprπ图片pipeFramepqsfinderR453Plus1ToolboxRcisTargetrGADEM林格RNAmodR。AlkAnilineSeqRNAmodR。毫升RNAmodR。RiboMethSeqRnBeadsRSVSim签名者similaRpeakspatialLIBDSynExtendTAPseqTCGAutils三层tRNAdbImportTVTB
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 rtracklayer_1.52.1.tar.gz
Windows二进制 rtracklayer_1.52.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) rtracklayer_1.52.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rtracklayer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
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