ribosomeProfilingQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ribosomeProfilingQC

核糖体分析质量控制

Bioconductor版本:3.13

Ribo-Seq(也叫核糖体分析或碳足迹)措施translatome(与RNA-Seq序列转录组)的直接量化ribosome-protected片段(rpf)。这个包提供了核糖体的质量评估分析的工具。此外,它可以为随后的微分分析中的Ribo-Seq数据进行预处理。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),玛丽亚·Hoye (aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

从内部引用(R,回车引用(“ribosomeProfilingQC”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ribosomeProfilingQC”)

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文档

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文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 报道,GeneRegulation,质量控制,RiboSeq,测序,软件,可视化
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年)
许可证 GPL(> = 3) +文件许可证
取决于 R (> = 4.0),GenomicRanges
进口 AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,EDASeq,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,IRanges、方法、motifStack,rtracklayer,Rsamtools,RUVSeq,Rsubread,S4Vectors,XVector,ggplot2,ggfittext,尺度,ggrepel跑龙套,集群、统计数据、图形、网格
链接
建议 RUnit,BiocStyle,knitr,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,刨边机,limma,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包 ribosomeProfilingQC_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 ribosomeProfilingQC_1.4.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉) ribosomeProfilingQC_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ribosomeProfilingQC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ribosomeProfilingQC/
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