regionReport

DOI:10.18129 / B9.bioc.regionReport

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅regionReport。

生成HTML或PDF报告一组基因的区域或DESeq2 /磨边机的结果

Bioconductor版本:3.13

生成HTML或PDF报告等探索一套地区annotation-agnostic表达式的结果分析,在碱基对决议由derfinder RNA-seq数据。您还可以创建报告DESeq2或磨边机的结果。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)安德鲁·e·贾菲(aut)黑色,杰弗里·t .韭菜(aut)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“regionReport”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“regionReport”)

HTML	R脚本	报告使用bumphunter结果示例
HTML	R脚本	介绍regionReport
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialPeakCalling,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,转录,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2)
进口	BiocStyle(> = 2.5.19),derfinder(> = 1.25.3),反编排,DESeq2,GenomeInfoDb,GenomicRanges,knitr(> = 1.6),knitrBootstrap(> = 0.9.0)、方法RefManageR,rmarkdown(> = 0.9.5),S4Vectors,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocManager,biovizBase,bumphunter(> = 1.7.6),derfinderPlot(> = 1.3.2),sessioninfo,DT,刨边机,ggbio(> = 1.35.2),ggplot2、网格gridExtra,IRanges,mgcv,pasilla,pheatmap,RColorBrewer,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,晶须
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/regionReport
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regionReport/
取决于我
进口我	recountWorkflow
建议我	重新计票
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	regionReport_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	regionReport_1.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	regionReport_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionReport
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ regionReport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regionReport/
包下载报告	下载数据