rScudo

DOI:10.18129 / B9.bioc.rScudo

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rScudo。

基于签名的集群用于诊断目的

Bioconductor版本:3.13

斯库多(诊断基于签名的集群)是一个rank-based基因表达谱的分析方法用于诊断和分类。它是基于sample-specific基因的识别签名组成的,下调基因样本。从基因表达数据,函数在这个包中识别sample-specific基因签名和使用它们来构建一个样品图。本图样本加入到边缘是否有类似的表达谱,根据预先计算相似性矩阵。表达谱的两个样本之间的相似性计算使用方法类似于GSEA。样品的图像可以用于执行社区集群或执行监督分类样本的测试集。

作者:Matteo Ciciani (aut (cre),托马斯Cantore (aut),艾瑞卡Colasurdo[所有],马里奥Lauria(施)

维护人员:Matteo Ciciani <马特奥。在gmail.com ciciani >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rScudo”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rScudo”)

HTML	R脚本	基于签名的集群用于诊断目的
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,分类,聚类,DifferentialExpression,FeatureExtraction,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,蛋白质组学,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法、统计数据igraph,stringrgrDevices,Biobase,S4Vectors,SummarizedExperiment,BiocGenerics
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,所有,RCy3,脱字符号,e1071平行,doParallel
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo
BugReports	https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rScudo_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	rScudo_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	rScudo_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rScudo
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rScudo
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rScudo/
包下载报告	下载数据