此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见r3Cseq.
Bioconductor版本:3.13
该包用于3C-seq分析的长时间染色质相互作用的分析。
作者:Supat Thongjuea, MRC WIMM计算生物学中心,Weatherall分子医学研究所,牛津大学,英国< Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>
维护者:Supat Thongjuea < Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>or
引文(从R内,输入引用(“r3Cseq”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“r3Cseq”)
R脚本 | r3Cseq | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 预处理,测序,软件 |
版本 | 1.38.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(10年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | GenomicRanges,Rsamtools,rtracklayer,VGAM,qvalue |
进口 | 方法,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings,data.table,sqldf,RColorBrewer |
链接 | |
建议 | BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://r3cseq.genereg.nethttps://github.com/supatt-lab/r3Cseq/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | r3Cseq_1.38.0.tar.gz |
Windows二进制 | r3Cseq_1.38.0.zip(64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | r3Cseq_1.38.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/r3Cseq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/r3Cseq/ |
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