婴儿车

DOI:10.18129 / B9.bioc.pram

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅婴儿车。

池RNA-seq装配记录模型的数据集

Bioconductor版本:3.13

公开RNA-seq数据通常用于回顾性分析阐明新生物。小说记录发现通过大量RNA-seq数据集已经成为一个这样的分析。增加记录发现的力量从大型RNA-seq数据集的集合,我们开发了一个新的R包命名池RNA-seq和装配模型(婴儿车),建立记录模型的基因间区域汇集RNA-seq数据集。这个包包含功能定义基因间区域,提取和池相关RNA-seq对齐,预测,选择和评估记录模型。

作者:刘彭(aut (cre),科林·n·杜威(aut) Sunduz Keleş(aut)

维护人员:彭刘< pliu55。韦氏在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“婴儿车”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“婴儿车”)

PDF	R脚本	池RNA-seq和装配模型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,GenePrediction,GenomeAnnotation,RNASeq,ResearchField,测序,软件,技术,转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法,BiocParallel、工具、跑龙套data.table(> = 1.11.8),GenomicAlignments(> = 1.16.0),rtracklayer(> = 1.40.6),BiocGenerics(> = 0.26.0),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),GenomicRanges(> = 1.32.0),IRanges(> = 2.14.12),Rsamtools(> = 1.32.3),S4Vectors(> = 0.18.3)
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pliu55/pram
BugReports	https://github.com/pliu55/pram/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pram_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	pram_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pram_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pram
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/婴儿车
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pram/
包下载报告	下载数据