pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见pqsfinder．

潜在四重结构形成序列的识别

Bioconductor版本:3.13

Pqsfinder检测DNA和RNA序列模式，可能折叠成分子内g -四重体(G4)。与许多其他方法不同，pqsfinder能够检测到包含凸起或不匹配的不完美g运行或具有长循环的G4s折叠。Pqsfinder还为每个匹配到G4测序数据的命中值分配一个整数分，并对应于折叠G4的预期稳定性。

作者:Jiri Hon, Dominika Labudova, Matej Lexa和Tomas Martinek

维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pqsfinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pqsfinder”)

超文本标记语言	R脚本	pqsfinder:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation，MotifDiscovery，SequenceMatching，软件
版本	2.8.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	Biostrings
进口	Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges，IRanges，S4Vectors、方法
链接	Rcpp，黑洞(> = 1.69.0)
建议	BiocStyle，knitr，Gviz，rtracklayer，ggplot2，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，testthat，stringr，stringi
SystemRequirements	GNU制作，c++ 11
增强了
URL	https://pqsfinder.fi.muni.cz
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pqsfinder_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_2.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pqsfinder_2.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pqsfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
软件包下载报告	下载数据