这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pipeComp。
Bioconductor版本:3.13
一个简单的框架,促进管道涉及各个步骤和参数的比较。“pipelineDefinition”类代表管道,最低限度,一组函数连续的输出上执行前一个,和可选地伴随着步进式评价和聚合函数。给这样的一个对象,一组替代参数/方法,和基准数据集,然后“runPipeline”功能通过所有组合参数,避免验算两次相同的步骤和编译动态评估,以避免存储中间数据可能很大。
作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut),安东尼Sonrel (aut)马克·d·罗宾逊(aut(曾经)
维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >
从内部引用(R,回车引用(“pipeComp”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pipeComp”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“pipeComp”)
HTML | R脚本 | pipeComp |
HTML | R脚本 | pipeComp_dea |
HTML | R脚本 | pipeComp_scRNA |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,DataRepresentation,GeneExpression,软件,转录组 |
版本 | 1.2.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1年) |
许可证 | GPL |
取决于 | R (> = 4.1) |
进口 | BiocParallel,S4Vectors,ComplexHeatmap,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,修拉,matrixStats,矩阵,集群,aricode、方法、跑龙套dplyr、网格尺度,食物,viridisLite,线索,randomcoloR,ggplot2,cowplot,intrinsicDimension,嘘,knitr,reshape2统计数据,Rtsne,uwot,circlize,RColorBrewer |
链接 | |
建议 | BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://doi.org/10.1186/s13059 - 020 - 02136 - 7 |
BugReports | https://github.com/plger/pipeComp |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | pipeComp_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | pipeComp_1.2.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | pipeComp_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pipeComp |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pipeComp/ |
包下载报告 | 下载数据 |