philr

DOI:10.18129 / B9.bioc.philr

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见philr．

宏基因组数据的基于ILR变换的系统发育划分

Bioconductor版本:3.13

PhILR是系统发育等距对数比变换的缩写。这个包提供了分析组成数据的函数(例如，表示不同变量/部分比例的数据)。具体来说，该软件包允许分析成分数据，其中各部分可以通过系统发育树进行关联(在微生物区系调查数据中很常见)，并提供从系统发育树构建的等长对数比转换，并使用加权参考测量。

作者:贾斯汀·西尔弗曼

维护者:Justin Silverman

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("philr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“philr”)

超文本标记语言	R脚本	PhILR简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	猿，phangorn，tidyr，ggplot2，ggtree
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，phyloseq，glmnet，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jsilve24/philr
BugReports	https://github.com/jsilve24/philr/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	philr_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	philr_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	philr_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/philr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/philr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/philr/
软件包下载报告	下载数据