phantasus

DOI:10.18129 / B9.bioc.phantasus

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见phantasus．

可视化和交互式基因表达分析

Bioconductor版本:3.13

Phantasus是一个可视化和交互式基因表达分析的网络应用程序。Phantasus基于基于网络的热图可视化和分析软件Morpheus，该软件通过OpenCPU API与R环境集成。除了基本的可视化和过滤方法外，还支持基于r的方法，如k-means聚类，主成分分析或带有limma包的差分表达式分析。

作者:Daria Zenkova [aut]， Vladislav Kamenev [aut]， Rita Sablina [ctb]， Maxim Kleverov [ctb]， Maxim Artyomov [aut]， Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("phantasus")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“phantasus”)

超文本标记语言	R脚本	使用phantasus应用程序
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,软件,转录组,可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	ggplot2,protolite,Biobase,GEOquery,车,htmltools,httpuv,jsonlite,limma,opencpu,为了、方法、httr,rhdf5， utils，并行，stringr,fgsea(> = 1.9.4),svglite,gtable统计数据,矩阵,pheatmap,尺度,ccaPP， grid, grDevices，AnnotationDbi,DESeq2,旋度
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,data.table
SystemRequirements
增强了
URL	https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus
BugReports	https://github.com/ctlab/phantasus/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	phantasus_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	phantasus_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	phantasus_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/phantasus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phantasus/
软件包下载报告	下载数据