pRoloc

DOI:10.18129 / B9.bioc.pRoloc

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见pRoloc

空间蛋白质组学统一的生物信息学框架

Bioconductor版本:3.13

pRoloc包实现了机器学习和可视化方法,用于定量质谱数据的分析和综合,以可靠地推断蛋白质亚细胞定位。

作者:劳伦特·盖托,奥利弗·克鲁克和丽莎·m·布雷克尔斯,托马斯·伯格和塞缪尔·维佐雷克撰稿

维护者:Laurent Gatto < Laurent。Gatto at uclouvain.be>

引文(从R内,输入引用(“pRoloc”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pRoloc")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“pRoloc”)

超文本标记语言 R脚本 空间蛋白质组学的迁移学习算法
超文本标记语言 R脚本 注释空间蛋白质组数据
超文本标记语言 R脚本 贝叶斯空间蛋白质组学与pRoloc
超文本标记语言 R脚本 pRoloc中提供的机器学习技术
超文本标记语言 R脚本 利用pRoloc进行空间蛋白质组学数据分析
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 pRoloc, pRolocdata和pRolocGUI

细节

biocViews 分类聚类ImmunoOncologyMassSpectrometry蛋白质组学质量控制软件
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(8.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.5),MSnbase(> = 1.19.20),MLInterfaces(>= 1.67.10),方法,Rcpp(> = 0.10.3),BiocParallel
进口 stats4,Biobasemclust(> = 4.3),脱字符号e1071抽样kernlab晶格nnetrandomForest代理模糊神经网络hexbinBiocGenerics统计数据,dendextendRColorBrewer尺度质量knitrmvtnormLaplacesDemoncodamixtoolsgtoolsplyrggplot2biomaRt, utils, grDevices,图形
链接 RcppRcppArmadillo
建议 testthatrmarkdownpRolocdata(> = 1.9.4),roxygen2xtablerglBiocStyle(> = 2.5.19),hpar(> = 1.15.3),dplyrakima字段素食主义者GO.dbAnnotationDbiRtsne(> = 0.13),nipals重塑魔法
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lgatto/pRoloc
BugReports https://github.com/lgatto/pRoloc/issues
全靠我 pRolocGUI蛋白质组学
进口我
建议我 MSnbasepRolocdataRforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 pRoloc_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 pRoloc_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) pRoloc_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pRoloc
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pRoloc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pRoloc/
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