odseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.odseq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅odseq。

孤立点检测的多序列比对

Bioconductor版本:3.13

执行孤立点检测的多序列比对的序列使用引导预定义的距离度量。离群值序列可以使下游分析不可靠或使比对不准确时。这个包实现了OD-seq算法提出的杰尔et al (doi 10.1186 / s12859 - 015 - 0702 - 1)序列对齐,对齐序列的变异使用字符串内核。

作者:何塞·吉梅内斯

维护者:何塞•希门尼斯<穆jimenezluna.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“odseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“odseq”)

PDF	R脚本	快速教程在MSAs异常值检测
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,MultipleSequenceAlignment,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.2.3)
进口	msa(> = 1.2.1),烤肉串(> = 1.4.1),mclust(> = 5.1)
链接
建议	knitr(> = 1.11)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	odseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	odseq_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	odseq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/odseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ odseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/odseq/
包下载报告	下载数据