npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅npGSEA。

排列基因集富集分析的近似方法(non-permutation GSEA)

Bioconductor版本:3.13

目前的基因集富集方法依赖推理的排列。这些方法计算昂贵,最低可实现的假定值基于排列的数量,而不是在实际观察到的统计数据。我们得到三个参数近似两个基因集富集的排列分布测试数据。我们能够减少计算负担和排列测试的粒度问题与我们的方法,就是在这个包中实现。npGSEA计算基因集富集统计和假定值没有排列的计算成本。它适用于设置在一个或多个感兴趣的基因集。也有内置的绘图功能,帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉尔森和艺术欧文

维护人员:杰西卡·拉尔森<拉尔森。杰斯:gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“npGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“npGSEA”)

PDF	R脚本	运行基因集富集分析“npGSEA”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,微阵列,通路,软件,StatisticalMethod
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GSEABase(> = 1.24.0)
进口	Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计数据
链接
建议	所有,genefilter,limma,hgu95av2.db,ReportingTools,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	npGSEA_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	npGSEA_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	npGSEA_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ npGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
包下载报告	下载数据