这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅netDx。
Bioconductor版本:3.13
netDx是一个通用的算法来构建一个病人从异构病人数据分类器。方法将数据转化为病人相似网络的特性。特征选择标识每个类功能的预测价值。方法设计和性能评估提供了通用的预测使用标准的措施。netDx本地组分子数据与Cytoscape pathway-level特性和连接网络的可视化通路的主题。方法详细信息参见:Pai et al。(2019)。netDx:可判断的病人使用集成的病人相似网络的分类。e8497分子系统生物学。15日
作者:信心Pai (aut (cre)菲利普·韦伯(aut), Ahmad Shah (aut),卢卡Giudice (aut),雪莉回族(aut),露丝Isserlin (aut),胡珊卡卡(aut),加里•巴德(aut)
维护人员:信心Pai <信心。pai在utoronto.ca >
从内部引用(R,回车引用(“netDx”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netDx”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“netDx”)
HTML | R脚本 | 01。构建二进制预测和视图性能、特性和综合病人相似网络 |
HTML | R脚本 | 02。构建三方分类器(多路;从multi-omic数据N > 2) |
HTML | R脚本 | 04。验证模型与选定的功能在一个独立的数据集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | BiomedicalInformatics,分类,网络,软件,SystemsBiology |
版本 | 3 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6) |
进口 | ROCR,pracma,ggplot2,RCy3,glmnet,igraph,reshape2、并行数据,跑龙套,MultiAssayExperiment、图形grDevices、方法BiocFileCache,GenomicRanges,bigmemory,doParallel,foreach,combinat,rappdirs,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,RColorBrewer,嘘,netSmooth,clusterExperiment,Rtsne,httr |
链接 | |
建议 | curatedTCGAData,TCGAutils,rmarkdown,testthat,knitr,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://netdx.org |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | netDx_1.4.3.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | netDx_1.4.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netDx |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netDx |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/netDx/ |
包下载报告 | 下载数据 |