mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见mzR

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:3.13

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装,用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码,以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann , Laurent Gatto < Laurent。在uclouvain的Gatto。be>, Qiakng Kou

引文(从R内,输入引用(“mzR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mzR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

超文本标记语言 R脚本 获取原始质谱分析和鉴定数据
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文本 新闻

细节

biocViews DataImportImmunoOncology基础设施MassSpectrometry代谢组学蛋白质组学软件
版本 2.26.1
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 Rcpp(>= 0.10.1),方法,utils
进口 BiobaseBiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4
链接 RcppzlibbiocRhdf5lib(> = 1.1.4)
建议 msdata(> = 0.15.1),RUnitmzIDBiocStyle(> = 2.5.19),knitrXMLrmarkdown
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports https://github.com/sneumann/mzR/issues/
全靠我 MSGFguiMSnbase蛋白质组学
进口我 adductomicsR自动调谐CluMSIDDIAlignRMSnIDmsPuritypeakPantheRProteomicsAnnotationHubDataRMassBankSIMATtopdownrxcms山药
建议我 AnnotationHubmsdataqcmetricsRforProteomics光谱
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 mzR_2.26.1.tar.gz
Windows二进制 mzR_2.26.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) mzR_2.26.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
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